The R-factor difference of 0.0004 is what you have to expect as the result of writing the coordinates, B-factors, and occupancies to the PDB file. In memory floating-point numbers have &gt;= 12 digits precision (we use double precision for almost everything); in the PDB file you have only 7 digits for the coordinates and just 5 digits for the B-factors and occupancies.<div>
Ralf<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 23, 2012 at 9:49 AM, Christian Roth <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:christian.roth@bbz.uni-leipzig.de">christian.roth@bbz.uni-leipzig.de</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Nat,<br>
<br>
I agree with you that the difference is very small and likely negligible. I<br>
just asked for curiosity if there might be any reason for this behaviour.<br>
<br>
Christian<br>
<br>
Am Donnerstag 22 März 2012 23:07:33 schrieb Nathaniel Echols:<br>
&gt; On Thu, Mar 22, 2012 at 2:54 PM, Christian Roth<br>
&gt;<br>
&gt; &lt;<a href="mailto:christian.roth@bbz.uni-leipzig.de">christian.roth@bbz.uni-leipzig.de</a>&gt; wrote:<br>
&gt; &gt; I am not sure I looked into the polygon. In the log it is stated that the<br>
&gt; &gt; R values are calculated after a resolution and sigma cutoff applied.  If<br>
&gt; &gt; I understood the log correctly the values taken from the pdb header are<br>
&gt; &gt; without sigma cutoff. Maybe thats the reason for the difference. Does<br>
&gt; &gt; modelvsdata somewhere print the values without cutoff in the log file? I<br>
&gt; &gt; did not find it. However does this mean till firsst OHS in phenix refine<br>
&gt; &gt; a default cutoff is used and in than throughout the refinement no coutoff<br>
&gt; &gt; is used anymore?<br>
&gt;<br>
&gt; After spending some time looking at similar cases today I am not sure<br>
&gt; myself what is going on.  I do not think a sigma cutoff is applied,<br>
&gt; unless perhaps the PDB header indicates that one was used previously<br>
&gt; (this is a thoroughly antiquated practice).  However, outlier<br>
&gt; filtering appears to be used throughout.  I found one example where<br>
&gt; nearly 4000 reflections have amplitudes of zero (which is surely not<br>
&gt; correct), and are discarded as outliers in phenix.refine.  This<br>
&gt; reduces R-free by 0.03.  In model_vs_data, the same numbers appear<br>
&gt; twice:<br>
&gt;<br>
&gt;   Model_vs_Data:<br>
&gt;     r_work(re-computed)                : 0.2030<br>
&gt;     r_free(re-computed)                : 0.2639<br>
&gt; ...<br>
&gt;   After applying resolution and sigma cutoffs:<br>
&gt;     n_refl_cutoff : 31257<br>
&gt;     r_work_cutoff : 0.2030<br>
&gt;     r_free_cutoff : 0.2639<br>
&gt;<br>
&gt; But this totally contradicts what I told you earlier, sorry.  I was<br>
&gt; assuming that they would be different.<br>
&gt;<br>
&gt; I do have a general piece of advice, however: ignore the discrepancy,<br>
&gt; and just report the value that came out of refinement (because that is<br>
&gt; what will end up in the PDB).  The difference in your case is<br>
&gt; relatively small, probably less than what you&#39;d see if you calculated<br>
&gt; R-factors with (for instance Refmac), because of different<br>
&gt; implementations of bulk solvent correction and scaling, etc.*.  (Even<br>
&gt; different versions of Phenix aren&#39;t guaranteed to yield identical<br>
&gt; R-factors, due to low-level changes.)  Considering how difficult it<br>
&gt; can be to reproduce the statistics in published structures, a change<br>
&gt; of 0.0004 isn&#39;t enough to worry about.<br>
&gt;<br>
&gt; -Nat<br>
&gt;<br>
&gt; * <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2906258/?tool=pubmed" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2906258/?tool=pubmed</a><br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br></div>