<font color="#000000"><font>Thanks,<br>It worked perfectly.<br></font></font><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 13, 2012 at 8:48 PM, Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nechols@lbl.gov">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On Fri, Apr 13, 2012 at 5:01 PM, Page, Rebecca &lt;<a href="mailto:rebecca_page@brown.edu">rebecca_page@brown.edu</a>&gt; wrote:<br>

&gt; I have a protein in which the N-terminal residue is in two<br>
&gt; conformations.When the residue is in the &#39;A&#39; conformation, the sidechain<br>
&gt; overlaps with the &#39;A&#39; conformation sidechain density of its symmetry mate. I<br>
&gt; have modeled the occupancy at 50%. However, every time I refine, phenix<br>
&gt; pushes the &#39;A&#39; conformer out of the density, likely due to clashing with its<br>
&gt; symmetry mate.<br>
&gt;<br>
&gt; Is there anyway to get around this?<br>
<br>
</div>I think this is what the parameter<br>
&quot;custom_nonbonded_symmetry_exclusions&quot; is for - it specifies an atom<br>
selection for which to turn off these interactions.<br>
<br>
-Nat<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br><br> <br>