<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">As I said, I cant say that, it is a guess based on two facts. 1) Looking at the output of refinement steps, and seeing that the largest decrease in R during refinement comes in the bulk solvent correction step. 2) It is also based on the common occurrence in the Refmac but not Phenix maps of negative difference density on backbone. This is a symptom of errors in bulk solvent correction.<br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div>Tim</div><br class="Apple-interchange-newline"></span></span>
</div>
<br><div><div>On Apr 17, 2012, at 12:06 PM, Steiner, Roberto wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Tim,<div><br></div><div>How can you say the difference is really down to bulk solvent correction? there's several other parameters that affect differences in R factors....</div><div><br></div><div>Just curious</div><div>R<br><div><div>On 17 Apr 2012, at 16:27, Timothy Springer wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">no, it just takes me two years to write up sometimes--- So this is a historical question. But there is a ref in that powerpoint to following ref. If this was implemented in Phenix and not Refmac 2 years ago, I should cite it.<div><br><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "></span></span></div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; font-size: 13px; line-height: 17px; "><div class="cit" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 0.8465em; font: inherit; vertical-align: baseline; line-height: 1.45em; "><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov.ezp-prod1.hul.harvard.edu/pubmed?term=robust%20bulk%20solvent%20correction#" title="Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography." abstractlink="yes" alsec="jour" alterm="Acta Crystallogr D Biol Crystallogr." style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 11px; font: inherit; vertical-align: baseline; color: rgb(51, 51, 51); border-bottom-style: initial; border-bottom-color: initial; text-decoration: underline; ">Acta Crystallogr D Biol Crystallogr.</a>&nbsp;2005 Jul;61(Pt 7):850-5. Epub 2005 Jun 24.</div><h1 style="margin-top: 0.375em; margin-right: 0px; margin-bottom: 0.375em; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 1.3846em; font: inherit; vertical-align: baseline; font-weight: bold; line-height: 1.125em; color: rgb(0, 0, 0); ">A&nbsp;<span class="highlight" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 18px; font: inherit; vertical-align: baseline; ">robust</span>&nbsp;<span class="highlight" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 18px; font: inherit; vertical-align: baseline; ">bulk</span>-<span class="highlight" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 18px; font: inherit; vertical-align: baseline; ">solvent</span>&nbsp;<span class="highlight" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 18px; font: inherit; vertical-align: baseline; ">correction</span>&nbsp;and anisotropic scaling procedure.</h1><div class="auths" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 0.923em; font: inherit; vertical-align: baseline; "><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov.ezp-prod1.hul.harvard.edu/pubmed?term=%22Afonine%20PV%22%5BAuthor%5D" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 12px; font: inherit; vertical-align: baseline; color: rgb(51, 51, 51); border-bottom-style: initial; border-bottom-color: initial; text-decoration: underline; ">Afonine PV</a>,&nbsp;<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov.ezp-prod1.hul.harvard.edu/pubmed?term=%22Grosse-Kunstleve%20RW%22%5BAuthor%5D" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 12px; font: inherit; vertical-align: baseline; color: rgb(51, 51, 51); border-bottom-style: initial; border-bottom-color: initial; text-decoration: underline; ">Grosse-Kunstleve RW</a>,&nbsp;<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov.ezp-prod1.hul.harvard.edu/pubmed?term=%22Adams%20PD%22%5BAuthor%5D" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 12px; font: inherit; vertical-align: baseline; color: rgb(51, 51, 51); border-bottom-style: initial; border-bottom-color: initial; text-decoration: underline; ">Adams PD</a>.</div><div class="aff" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 0.8465em; font: inherit; vertical-align: baseline; line-height: 1.0915em; "><h3 class="label" style="margin-top: 1.2856em; margin-right: 1em; margin-bottom: 0.6428em; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 1.0769em; font: inherit; vertical-align: baseline; font-weight: bold; line-height: 1.2857; color: rgb(114, 65, 40); position: absolute; left: -10000px; top: auto; width: 1px; height: 1px; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; ">Source</h3><div style="margin-top: 0.5em; margin-right: 0px; margin-bottom: 0.5em; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 11px; font: inherit; vertical-align: baseline; ">Lawrence Berkeley National Laboratory, One Cyclotron Road, Building 64R0121, Berkeley, CA 94720, USA. <a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a></div></div><div class="abstr" style="margin-top: 1.2em; margin-right: auto; margin-bottom: auto; margin-left: auto; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; border-bottom-width: 0px; border-left-width: 0px; border-style: initial; border-color: initial; outline-width: 0px; outline-style: initial; outline-color: initial; font-size: 13px; font: inherit; vertical-align: baseline; "></div></span><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div>Tim</div><br class="Apple-interchange-newline"></span></span>
</div>
<br><div><div>On Apr 17, 2012, at 11:18 AM, Jeff Headd wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi Tim,<div><br></div><div>If you are using Phenix 1.5.2, that would not have had the new bulk-solvent model that Pavel is talking about. Are you using that old of a version for your tests?</div><div><br></div><div>Jeff<br>

<br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 17, 2012 at 8:07 AM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Tim,<br>
    <br>
    this is because recently (a few weeks ago) we introduced a novel
    bulk-solvent model and a new overall anisotropic scaling procedure.<br>
    <br>
    Some detailed overview is here:<br>
    <br>
    <a href="http://www.phenix-online.org/presentations/PhenixSantaFe2012_PA.pdf" target="_blank">http://www.phenix-online.org/presentations/PhenixSantaFe2012_PA.pdf</a><br>
    <br>
    This is going to be published soon.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <br>
    Pavel</font></span><div><div class="h5"><br>
    <br>
    On 4/17/12 7:59 AM, Timothy Springer wrote:
    <blockquote type="cite">In one of the structures I have refined, I found
      phenix 1.5_2 gave 1 to 1.5% lower Rfree and Rwork than&nbsp;
      
      
      <span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;">REFMAC
        5.5.0102.</span>&nbsp;&nbsp;<br>
      <div>Can I propose in a publication that &nbsp;"We&nbsp;<span>attribute these differences
          to methods for handling bulk solvent in PHENIX that are less
          adversely affected
          by deficiencies in the crystallographic data."?&nbsp;</span></div>
      <div><span>This is a guess, because there is a
          large contribution to refinement from bulk solvent, rather
          than factual information. I did cross-refinement, and found it
          going from structures refined in REfmac to Phenix, and vice
          versa. The Phenix maps looked better, too.&nbsp;</span></div>
      
      
      <span>Is this a
        reasonable suggestion, and would there be a relevant reference?<br>
      </span>
      <div>
        <div style="font-size:12px">Tim<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></blockquote></div><br></div></div><span>&lt;ATT00001..c&gt;</span></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: 'Comic Sans MS'; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: 'Comic Sans MS'; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Roberto Steiner, PhD</div><div>Group Leader</div><div>Randall Division of Cell and Molecular Biophysics&nbsp;</div><div>King's College London</div><div><br></div><div>Room 3.10A&nbsp;</div><div>New Hunt's House&nbsp;</div><div>Guy's Campus</div><div>SE1 1UL, London, UK</div><div>Tel 0044-20-78488216</div><div>Fax 0044-20-78486435</div><div><a href="mailto:roberto.steiner@kcl.ac.uk">roberto.steiner@kcl.ac.uk</a></div><div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br></body></html>