Sorry, I meant &quot;optimeze x-ray/stereochemistry weight&quot;  (I ran both stereochemistry and ADP at one point to see what the effect would be). <div><br></div><div>I always run real-space refinement on coot. I try to include a region around the residue(s) I am playing with to allow the structure to relax and to prevent local strain. I tend to select the &quot;Ramachandran Restrains&quot;  and also select the appropriate secondary structure restraint when it is possible. </div>
<div><br></div><div>I see regions with bad clashes solely because during refinement a side chain is being fit into a density peak that is to close to another residue atoms. I wonder if there is a way to tell the program to avoid clashes even if it is at the expense of real-space fitting?</div>
<div><br></div><div>Mario Sanches<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 19, 2012 at 8:48 AM, Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nechols@lbl.gov">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im">On Thu, Apr 19, 2012 at 7:37 AM, Mario Sanches &lt;<a href="mailto:mariosan@gmail.com">mariosan@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; I am refining a low resolution structure (2.9A) using phenix.refine. As I<br>
&gt; continue the refinement  Rwork/Rfree are dropping but my  geometry<br>
&gt; statistics in general are very bad. My clashscore is getting worst and the<br>
&gt; RMS(angle) is really high. I have tried to play with the &quot;wxc_scale&quot;<br>
&gt;  parameter and also ran phenix selecting the &quot;Optimize X-ray/ADP weight&quot;<br>
&gt; option. All attempts end with a RMS(angle) of ~3.8 and a Clashscore of<br>
&gt; ~190.<br>
<br>
</div>Did you mean to type &quot;Optimize X-ray/Stereochemistry weight&quot; instead?<br>
That is the option you want to use in these situations; it usually<br>
results in much better geometry, with two caveats:<br>
<br>
1) If the input geometry is already poor, this may result in a poor<br>
initial guess for the weight, and the optimization will not sample the<br>
right range.<br>
<br>
2) Severe clashes are hard to fix automatically - the structure needs<br>
to be repacked to fix them, which is beyond the power of our<br>
minimizer.<br>
<br>
One tip: always run real-space refinement in Coot when rebuilding your<br>
model.  Getting the input geometry as good as possible seems to help<br>
phenix.refine (or any other refinement program) converge on acceptable<br>
values.<br>
<br>
-Nat<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Mario Sanches<br>Postdoctoral Researcher<br>Samuel Lunenfeld Research Institute<br>Mount Sinai Hospital<br>600 University Ave<br>Toronto - Ontario<br>
Canada<br>M5G 1X5<br><a href="http://ca.linkedin.com/in/mariosanches" target="_blank">http://ca.linkedin.com/in/mariosanches</a><br>
</div>