Thanks, Ralf.<div><br></div><div>I am almost at final stage. but the refinement always shows error density at the single bond connecting the two rings. I have tried manually change the orientation of these two rings, but there are two concerns that I thought why I did not get the perfect fitting. </div>
<div>1. I might not choose the perfect the orientation of these rings, and these give me a non-perfect fitting, and high b-factor.</div><div>2. since phenix always tries to change the conformation a little bit to fit the density, so this also might cause some errors, or not the conformation I like.</div>
<div><br></div><div>Then, my sense is that, if I can somehow define the two parts of the molecule as two rigid bodies, then phenix only can has free rotation of these two rings, and the fitting might come out good.</div><div>
<br></div><div><br></div><div>Charles</div><div><br></div><div><span style>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%</span><br style><span style> University of Pittsburgh School of Medicine</span><br style><br style><span style> Department of Aneshesiology</span><br style>
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