phenix.refine doesn&#39;t support custom dihedrals. Sorry. For this you need to work with CIF links.<div><br></div><div>Coot ignores our edits. I&#39;m not sure how it deals with CIF links. I hope someone else can help.</div>
<div><br></div><div>Ralf<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 14, 2012 at 8:05 PM, Vitali Stanevich <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:stanevich@wisc.edu" target="_blank">stanevich@wisc.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi again,<br><br>Thanks to your advices, I was able create bonds of desired length for phenix.refine. But I have 2 more questions:<br>
<br>1) Perhaps naive, but how do I define dihedral angle? I tried:<br><br>dihedral {<br>
     atom_selection_1 = name C18 and chain G and resname 1ZN and resseq 5<br>     atom_selection_2 = name C20 and chain G and resname 1ZN and resseq 5<br>     atom_selection_3 = name N4 and chain G and resname FGA and resseq 6<br>

     atom_selection_4 = name C4 and chain G and resname FGA and resseq 6<br>     dihedral_ideal = 180<br>     sigma = 5<br>    } <br>And it was ignored by phenix.refine. Or dihedral is somehow defined just through the angles?<br>

<br>2) After I try to apply &quot;real_space_refine&quot; in coot to the ligand molecule - bonds which I defined in &quot;edits&quot; file break and my polymer again becomes several monomers. Is that normal?<br><br>Thanks again,<br>

Vitali<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Sun, May 13, 2012 at 6:42 PM, Nigel Moriarty <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov" target="_blank">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
This may solve your problems. I used<br>
<br>
phenix.ligand_linking 3dw8.pdb<br>
<br>
in a recent version. You should read the article, however, as it will<br>
allow you to troubleshoot and obtain proof of linkage.<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Nigel<br>
<div><div><br>
On Sun, May 13, 2012 at 10:39 AM, Ralf Grosse-Kunstleve<br>
&lt;<a href="mailto:rwgrosse-kunstleve@lbl.gov" target="_blank">rwgrosse-kunstleve@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br>
&gt; See this newsletter:<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://www.phenix-online.org/newsletter/CCN_2011_01.pdf" target="_blank">http://www.phenix-online.org/newsletter/CCN_2011_01.pdf</a><br>
&gt;<br>
&gt; pages 3-5: FAQ<br>
&gt; There are two methods to add links between atoms in Phenix. Which one should<br>
&gt; I use?<br>
&gt;<br>
&gt; Let us know if this doesn&#39;t fully answer your question.<br>
&gt;<br>
&gt; Ralf<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Sat, May 12, 2012 at 6:58 PM, Vitali Stanevich &lt;<a href="mailto:stanevich@wisc.edu" target="_blank">stanevich@wisc.edu</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I am trying to refine protein structure with MCLR ligand - this is cyclic<br>
&gt;&gt; hepta-peptide which has some non-standard amino acids. Sequence is<br>
&gt;&gt; DAL-LEU-ACB-ARG-1ZN-FGA-DAM. It&#39;s exactly the same compound as chain G at<br>
&gt;&gt; 3dw8 PDB entry.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I could successfully import amino acids in coot through &quot;get monomer&quot;<br>
&gt;&gt; option, renumber and combine in one chain. Problem is that whenever I use<br>
&gt;&gt; phenix.refine it returns all residues nonbonded. Corresponding carboxyl and<br>
&gt;&gt; amino groups are in close proximity to make a bond. I tried to write LINKR<br>
&gt;&gt; record in .pdb - with no success:<br>
&gt;&gt; ...<br>
&gt;&gt; LINKR             1ZN G   5                     FGA G   6<br>
&gt;&gt; trans<br>
&gt;&gt; LINKR             FGA G   6                     DAM G   7<br>
&gt;&gt; trans<br>
&gt;&gt; ...<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Is there a way to create peptide bonds in this inhibitor chain? I&#39;m using<br>
&gt;&gt; phenix Version: 1.7.3.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanks in advance,<br>
&gt;&gt; Vitali<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt;&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div><span><font color="#888888">--<br>
Nigel W. Moriarty<br>
Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>
Lawrence Berkeley National Laboratory<br>
Berkeley, CA 94720-8235<br>
Phone : <a href="tel:510-486-5709" value="+15104865709" target="_blank">510-486-5709</a>     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>
Fax   : <a href="tel:510-486-5909" value="+15104865909" target="_blank">510-486-5909</a>       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a><br>
</font></span><br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>