<div>Dear all,<br></div><div><br></div><div>I had a weird case in which I can not reproduce the R/Rfree value for the same refinement. &quot;same&quot; means I run my refinement first and then I rerun with &quot;phenix.refine *.eff --overwrite&quot;. The R/Rfree values for the two cases are different (0.2942/0.3190  vs  0.2942/0.3085). Should not they be the same always?</div>
<div><br></div><div>the command I used:</div><div>1st.  </div><div>phenix.refine new-unique.mtz model.pdb xray_data.high_resolution=2.7 fix_rotamers=true strategy=individual_adp+individual_sites+tls ../tls_group_selections.params wxc_scale=0.05 refinement.input.xray_data.labels=FP,SIGFP --overwrite</div>
<div>2nd</div><div>phenix.refine model_refine_001.eff --overwrite</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>thanks,</div><div>Wenchang</div>