<html><head></head><body bgcolor="#FFFFFF"><div>Thanks, this helps a lot!<br><br><br></div><div><br>On Jul 14, 2012, at 8:21 PM, Jeff Headd &lt;<a href="mailto:jjheadd@lbl.gov">jjheadd@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br><br></div><div></div><blockquote type="cite"><div>Hi Yarrow,<div><br></div><div>Sorry for the confusion. If input intensities are used, then the French-Wilson method is used by default. If sigma_iobs_rejection_criteria is set to None as it is by default, then internally phenix.refine will set this value to -4 when using the F&amp;W method. Having the value set to None by default allows us to use the sigma_iobs_rejection_criteria variable for both the F&amp;W method and the old, simpler method, but each method needs a different default value, so the idea was to leave this is an internally determined parameter unless the user had good reason to change it otherwise.</div>

<div><br></div><div>I think we need to make this more clear. I'll see about adding a message to the log file that this change has occurred internally.</div><div><br></div><div>Since you've already used Truncate, you can tell phenix.refine to use your amplitude arrays as F<span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">engyun suggested, or you can remove the intensity arrays from your input .mtz entirely using the reflection file editor.</span></div>

<div><font color="#222222" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#222222" face="arial, sans-serif">Jeff<br></font><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 14, 2012 at 8:01 PM, Yarrow Madrona <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:amadrona@uci.edu" target="_blank">amadrona@uci.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I recently noticed from reviewing the phenix.refine log file that phenix<br>
is scaling the input intensities using the French-Wilson Method. However,<br>
I have already run Truncate in CCP4 and have structure factors in my MTZ.<br>
So it appears that Phenix.refine ignores structure factors and uses<br>
intensities regardless.<br>
<br>
The reason I am concerned is that Nat recently mentioned that the default<br>
for the sigma I cutoff is zero. However, The default in Truncate I thought<br>
was -3. If I understand correctly, the treatment in truncate allows weak<br>
reflections to be scaled and converted to structure factors. It seems that<br>
setting the I sigma cutoff to zero would cause you to loose some useable<br>
data. Currently, the sigma_fobs_rejection_criterion and<br>
sigma_ibos_rejection_criterion = None. This is the default I guess which<br>
would be 0. So my questions are:<br>
<br>
1. Will setting:<br>
<br>
sigma_iobs_rejection_criterion = -3<br>
<br>
result in Phenix using a sigma I cutoff of -3?<br>
<br>
2. How do I tell phenix to use the structure factors created by Truncate?<br>
<br>
Thanks for your help. I apologize &nbsp;if I have some misconceptions as I am<br>
still relatively new to crystallography.<br>
<br>
-Yarrow<br>
<br>
<br>
--<br>
Yarrow Madrona<br>
<br>
Graduate Student<br>
Molecular Biology and Biochemistry Dept.<br>
University of California, Irvine<br>
Natural Sciences I, Rm 2403<br>
Irvine, CA 92697<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br></div>
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>phenixbb mailing list</span><br><span><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a></span><br><span><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a></span><br></div></blockquote></body></html>