<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Tong,<br>
      <br>
      I replied to your email yesterday. Did you get it? Just in case
      below is a verbatim copy of my yesterday's reply to you:<br>
      <br>
      ****<br>
      <div class="moz-text-html" lang="x-western">
        <div class="moz-cite-prefix">Hi &#38669;&#24420;,<br>
          <br>
          hm, this shouldn't normally happen! Could you please send me
          relevant inputs so I can reproduce the problem and see what
          exactly is happening? Also explain how you run autobuild and
          then phenix.refine.<br>
          <br>
          Pavel<br>
          <br>
          On 7/20/12 5:43 AM, &#38669;&#24420; wrote:<br>
        </div>
        <blockquote
          cite="mid:778c34ed.2200b.138a46a39cc.Coremail.herohonan@126.com"
          type="cite">
          <div
            style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">
            <div>
              <div>Hi all:</div>
              <div>I do not know if someone mentioned this problem here
                before. Recently I ran the AutoBuild to build the
                structure model, and it outputs a best model(R/Rfree
                0.20/0.24). After that, I tried the program Phenix
                Refine using the .pdb and .mtz generated by AutoBuild.
                The R value increased to 0.23/0.30&nbsp;by the end of this
                refine. </div>
              <div>I wonder why this happened? Or if I have done
                something wrong?<br>
              </div>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      ****<br>
      <br>
      Pavel<br>
      <br>
      On 7/20/12 6:56 PM, herohonan wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:73ff0509.1cb8.138a73fcccf.Coremail.herohonan@163.com"
      type="cite">
      <div
        style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">
        <div>Hi all:<br>
          I do not know if someone mentioned this problem here before.
          Recently I ran the AutoBuild to build the structure model, and
          it outputs a best model(R/Rfree 0.20/0.24). After that, I
          tried the program Phenix Refine using the .pdb and .mtz
          generated by AutoBuild. The R value increased to 0.23/0.30 by
          the end of this refine.<br>
          I wonder why this happened? Or if I have done something wrong?</div>
        <div><br>
          (After AutoBuild, I modified the structure and added the
          substrate moleculars into the structure by hand.</div>
        <div>I thought the increase of the R value was resulted from the
          inapposite position of the substrates.</div>
        <div>But the R value still increased when I ran the Phenix
          Refine just by inputting the output of the AutoBuild without
          any manual modification.)<br>
          <br>
        </div>
        <div>--<br>
          <div>Tong Huo</div>
          <div>Ph.D candidate</div>
          <div>College of Life Sciences</div>
          <div>Nankai University</div>
          <div>Tianjin, China</div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <br>
      <span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>