<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi Ian,
<div><br>
</div>
<div>I'm sorry for the trouble! &nbsp;Can you try this:</div>
<div><br>
</div>
<div>cd&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px; ">/test_prerefine/WORK_2/WORK_1/</span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3"><br>
</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3">cat&nbsp;cat run_rebuild.sh</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3"><br>
</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3">This should look something like:</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3"><br>
</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3">
<div>cd &quot;/Users/terwill/unix/misc/junk/test_prerefine/WORK_2/WORK_1&quot;</div>
<div>&quot;/Users/terwill/unix/rosetta/rosetta3.4/rosetta_source/bin/mr_protocols.default.macosgccrelease&quot; @&quot;rebuild.flags&quot; &gt; &quot;rebuild.log&quot; 2&gt;&amp;1</div>
<div><br>
</div>
<div>Then paste from this something like:</div>
<div><br>
</div>
</font><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: medium; ">/Users/terwill/unix/rosetta/rosetta3.4/rosetta_source/bin/mr_protocols.default.macosgccrelease&quot; @&quot;rebuild.flags&quot;&nbsp;</span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3"><br>
</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3">This should fail, but quickly and with the error message right there. &nbsp;Then try editing &quot;rebuild.flags&quot; to specify the standard set of fragments files in some place like:</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3"><br>
</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3">/Users/terwill/unix/PHENIX/phenix-dev-894/phenix/phenix/rosetta/dummy_fragments_file_3.gz&nbsp;</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3">/Users/terwill/unix/PHENIX/phenix-dev-894/phenix/phenix/rosetta/dummy_fragments_file_9.gz</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3"><br>
</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3">and that should work. &nbsp;Then finally you can unzip all these fragment files and use those versions. &nbsp;Then you can paste pieces of your fragments files into the standard ones and see what causes
 it to break.</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3"><br>
</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3">I hope that helps!</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3">All the best,</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3">Tom T</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'Times New Roman'" size="3"><br>
</font>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF45930" style="direction: ltr; "><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [phenixbb-bounces@phenix-online.org] on behalf of Ian Slaymaker [iamslaymaker@gmail.com]<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, August 07, 2012 11:32 AM<br>
<b>To:</b> PHENIX user mailing list<br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] mr_rosetta problems<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div>I ran the suggested test, and checked my fragment files. The fragment files seem to be spic and span, but the test still errored out with this and the rebuild.log file looked the same.&nbsp;</div>
<div>My fragment files look like this :</div>
<div>
<div>&nbsp;</div>
<div>position: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 neighbors: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;200</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp;1je5 A &nbsp; 137 M L &nbsp;-94.840 &nbsp;117.510 -178.319 &nbsp; &nbsp;2.237 &nbsp; 10.852 &nbsp; &nbsp;31.857 3 &nbsp; &nbsp; 0.000 P &nbsp;1 F &nbsp;1</div>
<div>&nbsp;1je5 A &nbsp; 138 E L &nbsp;-71.213 &nbsp;-39.327 &nbsp;177.116 &nbsp; &nbsp;2.237 &nbsp; 10.852 &nbsp; &nbsp;31.857 3 &nbsp; &nbsp; 0.000 P &nbsp;1 F &nbsp;1</div>
<div>&nbsp;1je5 A &nbsp; 139 D L -112.228 &nbsp; 93.181 -175.069 &nbsp; &nbsp;2.237 &nbsp; 10.852 &nbsp; &nbsp;31.857 3 &nbsp; &nbsp; 0.000 P &nbsp;1 F &nbsp;1</div>
<div>&nbsp;1je5 A &nbsp; 140 V L &nbsp;-70.333 &nbsp;120.424 &nbsp;178.205 &nbsp; &nbsp;2.237 &nbsp; 10.852 &nbsp; &nbsp;31.857 3 &nbsp; &nbsp; 0.000 P &nbsp;1 F &nbsp;1</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Starting mr_rosetta_rebuild</div>
<div>Date: Tue Aug &nbsp;7 10:15:26 2012</div>
<div>Directory: /test_prerefine</div>
<div><br>
</div>
<div>HOST = hpc-cmb</div>
<div>HOSTTYPE = x86_64-linux</div>
<div>USER = slaymake</div>
<div>PID = 30481</div>
<div>Checking rosetta paths:</div>
<div>&nbsp; rosetta binary: /home/cmb-04/rr/slaymake/rosetta/rosetta3.4/rosetta_source/bin/mr_protocols.default. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; linuxgccrelease</div>
<div>&nbsp; database_dir: /home/cmb-04/rr/slaymake/rosetta/rosetta3.4/rosetta_database</div>
<div>&nbsp; script_dir: /home/cmb-04/rr/slaymake/rosetta/rosetta3.4/rosetta_source/src/apps/public/electron_dens &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ity</div>
<div>pilot_script_dir: /home/cmb-04/rr/slaymake/rosetta/rosetta3.4/rosetta_source/src/apps/pilot/frank/</div>
<div><br>
</div>
<div>Sequence rewritten to /test_prerefine/WORK_2/EDITED_seq.dat &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;:</div>
<div>&nbsp;&gt; sequence information</div>
<div>AQLMDMRD</div>
<div><br>
</div>
<div>Changing to work directory: /test_prerefine/WORK_2</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Rebuilding the model/test_prerefine/coords1.pdb</div>
<div>with rosetta</div>
<div>Running mr_rosetta_rebuild without map information</div>
<div><br>
</div>
<div>Generating 1 rebuilt models</div>
<div>================================================================================</div>
<div>Reading model from/test_prerefine/coords1.pdb</div>
<div>================================================================================</div>
<div>ALIGNMENT LINES:</div>
<div>## TARGET coord</div>
<div># hhsearch</div>
<div>scores_from_program: 0 1.00</div>
<div>0 AQLMDMRD</div>
<div>0 -QLMDMRD</div>
<div>--</div>
<div><br>
</div>
<div>Alignment file matches PDB file</div>
<div>Start position of target sequence in sequence file: &nbsp;0</div>
<div><br>
</div>
<div>Aligned model for comparison: /test_prerefine/WORK_2/WORK_1/aligned_model.pdb</div>
<div>Log for rebuilding: /test_prerefine/WORK_2/WORK_1/rebuild.log</div>
<div><br>
</div>
<div>******************* ERROR ENDING ***************</div>
<div>Failed to run REBUILD...see log file in /test_prerefine/WORK_2/WORK_1/rebuild.log</div>
<div><br>
</div>
<div>******************* ERROR ENDING ***************</div>
<div>hpc-cmb(231):</div>
<div><br>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Aug 7, 2012 at 10:05 AM, Andreas F�rster <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:docandreas@gmail.com" target="_blank">docandreas@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
Hi Ian,<br>
<br>
I had a similar issue once. &nbsp;Check that your fragment files start with a line reading<br>
<br>
&nbsp;position: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 neighbors: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;200<br>
<br>
or something like this. &nbsp;If there's html code (download artifact), remove it. &nbsp;Same at the end of the files. &nbsp;Last line should be blank and before that, only fragments.<br>
<br>
<br>
<br>
Andreas
<div class="im"><br>
<br>
<br>
<br>
On 07/08/2012 5:52, Terwilliger, Thomas C wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div class="im">Hi Ian,<br>
<br>
I think this part of the error message is the best hint:<br>
<br>
finished reading top 0 0mer fragments from<br>
file/dataFiles/aat000_03_05.<u></u>200_v1_3<br>
<br>
I am guessing there is something odd about the fragment file all right.<br>
You could try supplying this file in one of the tests and see if it<br>
causes the test to fail:<br>
<br>
phenix_regression.wizards.<u></u>test_command_line_rosetta_<u></u>quick test_prerefine<br>
<br>
then:...<br>
<br>
cd test_prerefine<br>
phenix.mr_rosetta seq_file=seq.dat search_models=coords1.pdb<br>
start=place_model stop=place_model data=fobs.mtz is_sub_process=True<br>
already_placed=true refine_after_mr=False run_prerefine=True<br>
number_of_prerefine_models=1 rosetta_fixed_seed=1571<br>
fragment_files=/Users/terwill/<u></u>unix/PHENIX/phenix-dev-894/<u></u>phenix/phenix/rosetta/dummy_<u></u>fragments_file_3.gz<br>
fragment_files=/Users/terwill/<u></u>unix/PHENIX/phenix-dev-894/<u></u>phenix/phenix/rosetta/dummy_<u></u>fragments_file_9.gz<br>
<br>
Then, try above with your fragment files...<br>
<br>
That might point out the problem!<br>
All the best,<br>
Tom T<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div>
*From:* <a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-<u></u>online.org</a>
<div class="im"><br>
[<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-<u></u>online.org</a>] on behalf of Ian Slaymaker<br>
[<a href="mailto:slaymake@usc.edu" target="_blank">slaymake@usc.edu</a>]<br>
</div>
*Sent:* Tuesday, August 07, 2012 10:21 AM<br>
*To:* <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
*Subject:* [phenixbb] mr_rosetta problems
<div>
<div class="h5"><br>
<br>
I am trying to get mr_rosetta working on our cluster and am running into<br>
some problems I am not sure how to solve. The<br>
phenix_regression.wizards.<u></u>test_command_line_rosetta_<u></u>quick_tests tests<br>
went smoothly were completed.<br>
<br>
However, my first test run with all the defaults (not submitted to<br>
multiple processors) using my reflection file, HHR analysis file,<br>
sequence file, and the 2 fragment files failed with the below errors. I<br>
checked all the files, and it seems this is a problem with the fragment<br>
files but I am not sure exactly what they are supposed to look like.<br>
<br>
I thought it could be because our cluster doesnt have access to any<br>
outside networks...is this a problem with rosetta not being able to<br>
download pdb files? if so, is there a way to supply them internally?<br>
The aligned model looks somewhat what I expected it to (same beta sheet<br>
arrangement) but it seems to be incomplete.<br>
Any help would be very much appreciated!<br>
<br>
<br>
<br>
Splitting work into 100 jobs and running with 1 processors using sh<br>
background=None in /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_<u></u>ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/<u></u>REBUILD_IN_SETS_1<br>
<br>
Starting job 1...Log will be: /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_<u></u>ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/<u></u>REBUILD_IN_SETS_1/RUN_FILE_1.<u></u>log<br>
<br>
******************* ERROR ENDING ***************<br>
mr_rosetta failed...<br>
<br>
******************************<u></u>******************************<u></u>********************<br>
Sorry, a subprocess has failed...<br>
<br>
END OF LOG FILE /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_<u></u>ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/<u></u>REBUILD_IN_SETS_1/RUN_FILE_1.<u></u>log :<br>
<br>
to match the actual PDB sequence:<br>
(protein sequence)<br>
New alignment line 4 for PDB:<br>
(protein sequence)<br>
<br>
<br>
Start position of target sequence in sequence file: &nbsp;0<br>
<br>
Aligned model for comparison: /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_<u></u>ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/<u></u>REBUILD_IN_SETS_1/RUN_1/WORK_<u></u>1/aligned_model.pdb<br>
Log for rebuilding: /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_<u></u>ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/<u></u>REBUILD_IN_SETS_1/RUN_1/WORK_<u></u>1/rebuild.log<br>
<br>
**************ERROR ENDING**********************<br>
Failed to run REBUILD...see log file in /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_<u></u>ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/<u></u>REBUILD_IN_SETS_1/RUN_1/WORK_<u></u>1/rebuild.log<br>
<br>
<br>
The rebuild log had repeats of several errors that I am not sure how to address:<br>
<br>
core.conformation.<u></u>Conformation: [ WARNING ] missing heavyatom: &nbsp;CD2 on residue PHE 3 (repeated several times)<br>
<br>
core.fragments.<u></u>ConstantLengthFragSet: line too short: Skipping line ' (repeated several times)<br>
<br>
<br>
core.fragments.<u></u>ConstantLengthFragSet: finished reading top 0 0mer<br>
fragments from file/dataFiles/aat000_03_05.<u></u>200_v1_3<br>
protocols.loops.loops_main: Frag libraries debug none 1<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div>
</div>
<div class="im">______________________________<u></u>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/<u></u>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br>
</div>
</blockquote>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-- <br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Andreas F�rster, Research Associate<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Paul Freemont &amp; Xiaodong Zhang Labs<br>
Department of Biochemistry, Imperial College London<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.msf.bio.ic.ac.uk" target="_blank">http://www.msf.bio.ic.ac.uk</a></font></span>
<div class="HOEnZb">
<div class="h5"><br>
______________________________<u></u>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/<u></u>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>