<div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I am trying to get mr_rosetta working on our cluster and am running into some problems I am not sure how to solve. The </span><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta_quick_tests tests went smoothly were completed. </span></div>

<div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">However, my first test run with all the defaults (not submitted to multiple processors) using my reflection file, HHR analysis file, sequence file, and the 2 fragment files failed with the below errors. I checked all the files, and it seems this is a problem with the fragment files </span><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">but I am not sure exactly what they are supposed to look like</span><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">.</span></div>

<div><br></div><div>I thought it could be because our cluster doesnt have access to any outside networks...is this a problem with rosetta not being able to download pdb files? if so, is there a way to supply them internally?  </div>

<div>The aligned model looks somewhat what I expected it to (same beta sheet arrangement) but it seems to be incomplete.</div><div>Any help would be very much appreciated!</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div>

<div><div><pre><font face="arial, helvetica, sans-serif">Splitting work into 100 jobs and running with 1 processors using sh
background=None in /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_1

Starting job 1...Log will be: /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_1/RUN_FILE_1.log

******************* ERROR ENDING ***************
mr_rosetta failed...

********************************************************************************
Sorry, a subprocess has failed...

END OF LOG FILE /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_1/RUN_FILE_1.log :

to match the actual PDB sequence:
(protein sequence)
New alignment line 4 for PDB:
(protein sequence)


Start position of target sequence in sequence file:  0

Aligned model for comparison: /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_1/RUN_1/WORK_1/aligned_model.pdb
Log for rebuilding: /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_1/RUN_1/WORK_1/rebuild.log

**************ERROR ENDING**********************
Failed to run REBUILD...see log file in /MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_1/RUN_1/WORK_1/rebuild.log
</font></pre><pre><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></pre><pre><font face="arial, helvetica, sans-serif">The rebuild log had repeats of several errors that I am not sure how to address:</font></pre><pre>

<font face="tahoma, sans-serif">core.conformation.Conformation: [ WARNING ] missing heavyatom:  CD2 on residue PHE 3 (repeated several times)</font></pre><pre><font face="tahoma, sans-serif">core.fragments.ConstantLengthFragSet: line too short: Skipping line &#39; (repeated several times)</font></pre>

<div><div><div><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div><font face="tahoma, sans-serif">core.fragments.ConstantLengthFragSet: finished reading top 0 0mer fragments from file/dataFiles/aat000_03_05.200_v1_3</font></div>

<div><font face="tahoma, sans-serif">protocols.loops.loops_main: Frag libraries debug none 1</font></div></div><div><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div><br></div><div><br></div></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br>

</font></div></div></div>