<font color='black' size='2' face='arial'><br>
<font color="black" face="arial" size="2">

<div> <br>

</div>
Hi Shya,<br>
<br>
&nbsp;I did wavelength scan, got a good signal for Se and used appropriate wavelengths for data collection and also used experimental f' and f'' values for phasing. I think the reasons SAD or MAD for SeMet data is not working are (i) low resolution: 3.7 for SeMet (Anomalous data is up to 4.8A) (ii) I should have mentioned this earlier: 3 out of 6 Se are very close to N-terminus, possible they are disordered. Unit cell is also some what big..100, 120 and 320A; F222 space group.<br>
<br>
AK&nbsp; <br>

<div> <br>

</div>



<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>

From: Shya Biswas &lt;shyabiswas@gmail.com&gt;<br>

To: PHENIX user mailing list &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;<br>

Sent: Thu, Sep 6, 2012 7:29 am<br>

Subject: Re: [phenixbb] Autosol: MIRAS<br>

<br>









<div id="AOLMsgPart_0_1cc53d68-706a-4550-b045-8987e280e26d" style="margin: 0px;font-family: Tahoma, Verdana, Arial, Sans-Serif;font-size: 12px;color: #000;background-color: #fff;">

<pre style="font-size: 9pt;"><tt>Hi AK,
Did you do a wavelength scan when you collected the SE dataset you
need to put the values of f' and f'' from your wavelength scan in
order to locate the heavy atom sites, 6 methionine should be enough to
phase your molecule.
Shya

On Wed, Sep 5, 2012 at 9:25 PM,  &lt;<a href="mailto:ash.k@aol.com">ash.k@aol.com</a>&gt; wrote:
&gt; Hi all,
&gt;
&gt; I am trying to solve a structure through experimental phasing using AUTOSOL.
&gt; I have a couple of heavy atom derivative datasets (Hg, La, Eu, Cd) and also
&gt; a SeMet data. Unfortunately all the datasets are of low resolution
&gt; (3.7-4.2A) and there are possibly 4-8 molecules in the asu. MIR, SAD and MAD
&gt; alone did not give any convincing solution.
&gt;
&gt; However, MIRAS, with a combination of few heavy atom datasets and the
&gt; anomalous data from SeMet crystals, gave a somewhat satisfactory map. But
&gt; the heavy atom site picked by AUTOSOL list only one of the heavy atoms i.e.
&gt; Lanthanum. In another set of run, the solution of which was not convincing,
&gt; the heavy atom substructure had only Hg. There are 6 Met out of 200 residues
&gt; in one molecule and mass spec results show that Se incorporation is 100%.
&gt;
&gt; Now, my doubt is that why does the heavy atom substructure contain only La
&gt; and how can I get the substructure involving Se from this solution (or the
&gt; datasets used)?  Se location is going to help me a lot for finding a
&gt; starting point to assign side chains.
&gt;
&gt; Any suggestion would be greatly appreciated.
&gt;
&gt; Thanks
&gt; AK
&gt;
&gt; _______________________________________________
&gt; phenixbb mailing list
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
&gt;
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</tt></pre>
</div>

 <!-- end of AOLMsgPart_0_1cc53d68-706a-4550-b045-8987e280e26d -->



</div>

</font></font>