<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Yuri,<br>
      <br>
      a possible way to show this simply involves these two steps:<br>
      <br>
      1) make sure the model is as good as it can possibly be. This
      seems trivial and obvious, but that's the tough one, and most
      important too. At 1.18A it means: you included H atoms properly
      (yes - properly!), you modeled all alternative conformations, you
      modeled all solvent fully and partially occupied, you properly
      parametrized the model, etc... etc... (very long list). <br>
      <br>
      <b>All in all, it means you reduced the noise low down enough so
        you can see important signal.</b><br>
      <br>
      2) after you fulfilled "1)", calculate various maps (residual,
      OMIT, etc) and focus on diferences that you believe is the result
      of catalysis.<br>
      <br>
      I have breathtaking examples where the above 1)-2) steps really
      work, which I think to publish one day (in CCN of course!). <br>
      I believe this strategy may work for you too.<br>
      <br>
      Pavel<br>
      <br>
      <br>
      On 9/12/12 11:31 AM, Yuri wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:c0578cdf72436e64f86a1f5591bdf175@ufl.edu"
      type="cite">Hi everyone,
      <br>
      I am trying to show that a ligand underwent catalysis during a
      soaking experiment.
      <br>
      One of the things I would like to show is the geometry of the
      ligand, bond angles/lengths, dihedrals, etc...
      <br>
      One of my models has a hi-res of 1.18A and the ligand density is
      really clear and complete.
      <br>
      What is the best way to refine the ligand unrestrained and then
      generate measurements?
      <br>
      Also, the idea is to finally compare to ideal geometry. How should
      I generate these values (any softwares in mind)?
      <br>
      ANy idea is welcome.
      <br>
      Thanks a lot
      <br>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>