<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Not a trivial undertaking, but it can be done.&nbsp; After all, CNS
    composite omit map does output (optionally) the map coefficients.&nbsp;
    The way it is done there is by doing fourier transform on the output
    map.&nbsp; So, you can do something along these lines<br>
    <br>
    1. Calculate electron density maps from each of your truncated
    models.<br>
    2. Generate masks for each of your truncated models on the same
    grid.<br>
    3. Combine maps with corresponding masks.<br>
    4. Combine all the resulting masked maps.<br>
    5. Calculate structure factors from the resulting composite map.<br>
    <br>
    There are definitely programs out there (sfall, mapman, etc) that
    you can use top accomplish this.&nbsp; This would be a great learning
    experience for you, however if you are more of a practical person
    and simply want to get that final map asap, you are probably better
    off rerunning your composite omit map calculation using one of the
    following tools<br>
    <br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/documentation/autobuild.htm#anch174">http://www.phenix-online.org/documentation/autobuild.htm#anch174</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://cns-online.org/cgi-bin/cns_solve_1.3/cns_view.cgi?&amp;file=inputs/xtal_refine/composite_omit_map.inp">http://cns-online.org/cgi-bin/cns_solve_1.3/cns_view.cgi?&amp;file=inputs/xtal_refine/composite_omit_map.inp</a><br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ccp4.ac.uk/ccp4/html/comit.html">http://www.ccp4.ac.uk/ccp4/html/comit.html</a><br>
    <br>
    Cheers,<br>
    <br>
    Ed.<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 09/21/2012 06:03 AM, Mikalai
      Lapkouski wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAAgQRwpDgRGC6VYeVTEGw-vnr9MWDPQU_6UQbvekbjQH05GfbQ@mail.gmail.com"
      type="cite">Hello,<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; I have a following question.<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; I have generated several Fo-Fc sa omit maps (FOFCWT, PHFOFCWT)
      for different portions of a DNA molecule. Now that I have each
      omit map as a separate file to display the whole DNA omit map I
      have to load them in coot one by one. Is there a way of how to
      combine all this maps into one file and have a single name for
      label columns so that the whole map will open at once?<br>
      <br>
      I managed to put them all in one file but column labels are&nbsp;
      separate: FOFCWT_1, PHFOFCWT_1 &nbsp; FOFCWT_2, PHFOFCWT_2......&nbsp; Can
      they all go under&nbsp; FOFCWT, PHFOFCWT?<br>
      <br>
      Thank you very much for any suggestion<br>
      <br>
      Mikalai<br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>