<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">hi,<br>we are using secondary structure restraints to enforce RNA base pairing.<br>it seems if we use insertion codes , it causes a crash with this error:<br><br>/usr/local/phenix-1.8.1-1168/cctbx_project/mmtbx/secondary_structure/bas<br>e_pairing.py", line 508, in identify_base_pairs<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; basecode_1 = atoms[base_1[0]].fetch_labels().resname.strip()[0]<br>IndexError: Index out of range<br><br>we are using syntax like this:<br><br>refinement.secondary_structure.nucleic_acids {<br>base_pair {<br>&nbsp; base1 = segid "WTF" and resseq&nbsp;&nbsp; 78 <br>&nbsp; base2 = segid "WTF" and resseq&nbsp;&nbsp; 98 <br>}<br>base_pair {<br>&nbsp; base1 = segid "WTF" and resseq&nbsp;&nbsp; 79 <br>&nbsp; base2 = segid "WTF" and resseq&nbsp;&nbsp; 97 <br>}<br>base_pair {<br>&nbsp; base1 = segid "WTF" and resseq&nbsp;&nbsp; 80A <br>&nbsp; base2 = segid "WTF" and
 resseq&nbsp;&nbsp; 96 <br>}<br>}<br><br>we also tried putting it in quotes with no luck<br>it works if we use resseq 80<br>this is with version<br>Version: 1.8.1<br>Release tag: 1168<br><br><br>thanks<br>jpd<br><br></td></tr></table>