<p class="MsoNormal">Dear all,</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal">I am using the PHENIX version 1.8.1-1168 and need to get the
pdb file and the cif file for the metal-chelate complex Gd-DTPA for refinement
of a structure. I got the pdb file and the cif file for a dimer of the complex.
Then I edited those to contain only one metal chelator complex and used as
inputs in elbow. I have attached the pdb file and the cif file I used as
inputs.</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal">I gave cif file as chemical file type with pdb file as
initial geometry and ran elbow. Then I used pdb file only or cif file only as
inputs separately. Every time it ended with the error “Failed to determine the
bonding of a fragment of the molecule”</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal">Also I tried using smile string C(CN(CC(=O)[O-])CC(=O)[O-])N(CCN(CC(=O)[O-])CC(=O)[O-])CC(=O)[O-].[Gd+3]and
pdb file as inputs. Then it runs without an error, but it outputs cif and pdb
files containing only Gd.  </p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal">How can I get the cif file for the metal-chelate complex?  I want to use the metal-chelate complex
as one entity in the refinement, so that it will have the correct geometry of
the chelator.  </p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal"> Thanks</p><p class="MsoNormal">Subhani</p>