Hi,<br><br>i am refining a perdeuterated neutron structure and have noticed a lot of positive density aside the D atoms on aliphatic and aromatic side chains. just in the alignment of C-D bonds (C-D then +), suggesting that phenix.refine constraints these bond lengths too short in my case. i tried automatic weights for geometry refinement and unrestrained specific C-D refinement but it is not satisfactory.<br>
<br>then i found the following funny distances (angströms) in the pdb database neutron structures:<br><br>3KYX:<br>program: Phenix.refine<br>D-prot<br>Distances: <br>C-D aromatics = 0.93-0.94<br>C-D aliph. =  0.98<br><br>
1CQ2<br>Program : xplor3.1<br>D-protein (despite the atoms being labelled as H according to abstract)<br>Distances: <br>C-D aromatics = 1.06-1.08<br>C-D aliph. = 1.08<br><br>4FC1<br>H-protein<br>Distances: <br>program: Phenix.refine<br>
C-H aromatics = 0.93<br>C-H aliph. = 0.97<br><br>1VCX<br>H-protein<br>program: CNS<br>Distances: <br>C-H aromatics = 1.06-1.10<br>C-H aliph. = 1.09<br><br>those neutron C-D/C-H bond lengths in pdb seem pretty much inconsistentto me.<br>
<br>So it seems that phenix.refine uses  C-D/ C-H bonds restrains that are different to other programs to below 1.0 Ang. ( ca. 0.10 A differences) <br>how can i change the restraints to make it all longer bond lengths for C-D only? with a .cif file?<br>
i saw that phenix uses the CCP4 monomer library but the one in : <br>/usr/local/phenix-.../chem_data/mon_lib/list<br>only seem to be applying modifications. <br> <br>any clue on how to specifically modify the restraints parameters on C-D bonds would be very appreciated.<br>
<br>Thanks,<br><br>Maxime<br><br><br><br><br><br>