Yeah, &quot;autobuild has failed&quot; after autobuild finishes (phenix 1.8.1-1160) but I think that&#39;s supposed to be the last bit of work anyway. And it certainly doesn&#39;t look like the right solution in my case.<div>
<br></div><div>Sincerely,</div><div>Morten Groftehauge</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 4 November 2012 23:48, Georg Mlynek <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:georg.mlynek@univie.ac.at" target="_blank">georg.mlynek@univie.ac.at</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi, <br>
    <br>
    I get the same error that autobuild is failing. At least you should
    find in
    MR_ROSETTA_XXXXXX/GROUP_OF_AUTOBUILD_1/RUN_1/AutoBuild_run_1_/ one
    finished autobuild job.<br>
    <br>
    <br>
    In my case also on of the tests failed see below. Tom Terwilliger
    answered this to me: <br>
    <br>
    &gt;&gt; This test error look to me like results of roundoff
    differences.  I think you can ignore it.<br>
    <br>
    
    <p style="margin-bottom:0in">Running test_prerefine_no_data<br>
      ------------------------------------------------------------<br>
      Numbers do not match: -0.08947 -0.03928<br>
      r {{ 0.86189 0.06488 -0.50292}<br>
      {-0.01063 0.99387 0.11000}<br>
      { 0.50698 -0.08947 0.85730}}<br>
      ---<br>
      r {{ 0.84507 0.05441 -0.53188}<br>
      {-0.02506 0.99775 0.06225}<br>
      { 0.53407 -0.03928 0.84453}}<br>
      ------------------------------------------------------------<br>
      FAILED<br>
      See log files
      test_prerefine_no_data/test_prerefine_no_data.log
      test_prerefine_no_data/test_prerefine_no_data_current.log<br>
      =================================================================</p>
    <p style="margin-bottom:0in">I am running<br>
      Rosetta3.4<br>
      Phenix 1.8.1-1168<br>
      Ubuntu 11.10<br>
      lenovo thinkpad w520<br>
      Intel® Core™ i7-2630QM CPU @ 2.00GHz × 8 <br>
    </p>
    
    
    <br>
    Sorry, for not helping solving the problem. <br>
    <br>
    Best georg.<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 11/05/2012 12:13 AM, Julio Lenin
      wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      
      <div>
        <div>Hello guys,</div>
        <div>
          <div><br>
          </div>
          <div>I am currently trying to setup MR_Rosetta but I am
            running into some trouble. When I run the tutorial for
            Defensin HNP-3 from the GUI I always get an error during the
            ... process (see image at this<a href="https://www.dropbox.com/s/207t7hdqt0vbvp7/Screen%20shot%202012-11-02%20at%208.58.47%20AM.png" target="_blank">
              dropbox link</a>). I know that my path for phenix and
            rosetta are correct since I can run
            the phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta_quick
            and phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta_quick
            test_rosetta_rebuild. If I try to trace down the error, I
            can only get the same info that I got from the GUI error
            message (vide supra). </div>
          <div><br>
          </div>
          <div>As additional info, here are somme details of my setup:</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>MacBookPro 4,1 running OS 10.6.8</div>
          <div>Core2Duo 2.5 Ghz</div>
          <div>6 Gb RAM</div>
          <div>Rosetta 3.2 compiled with flags bin mode=release</div>
          <div>Phenix 1.8.1-1168</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>And my input settings for the GUI run (<a href="https://www.dropbox.com/s/77jttri9cxiurms/Screen%20shot%202012-11-01%20at%208.03.06%20PM.png" target="_blank">dropbox</a>)</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Now, this might just be confusing but there was one
            command line test that my setup
            failed: phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta
            test_mr_rosetta</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>The error is kinda cryptic (see dropbox <a href="https://www.dropbox.com/s/x5kejcmsw1aejit/Test-Error.txt" target="_blank">copy
              of the error</a>) but it seem to be a discrepancy in the
            scoring results not a missing program or any other kind of
            misconfiguration. Of course, I might be wrong. </div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Any advice?</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Best regards. <br>
            <div><br>
            </div>
            -- <br>
            Lenin Domínguez-Ramírez<br>
            <br>
            &quot;And for all the current and rather silly emphasis on
            structural   <br>
            biology,understanding enzymes means understanding catalysis
            and   <br>
            catalysis is concerned with kinetics, not structure: as
            Jeremy   <br>
            Knowles aptly remarked, studying the photograph of a
            racehorse cannot   <br>
            tell you how fast it can run.&quot; <br>
            Cornish-Bowden, 1995<br>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <div>
        <span><span>
            <div><span>
                <div>Lenin Domínguez-Ramírez, PhD <br>
                  <br>
                  &quot;What are we to think of an organism that loses
                  practically all of its cellular water at ordinary
                  temperatures and pressures and ceases to metabolize,
                  but upon being rehydrated resumes all of the
                  characteristics it previously exhibited?...we should
                  be reluctant to call such an organism dead (unless we
                  are willing to entertain the possibility of its
                  resurrection) because it resumes an active life upon
                  simple restoration of water.&quot;</div>
              </span></div>
          </span></span>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></pre><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
    </font></span></blockquote><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
    <br>
    <pre cols="72">-- 
Mlynek Georg
University of Vienna
Department of Computational and Structural Biology Max F. Perutz Laboratories
Campus Vienna Biocenter 5 level -2
1030 Vienna Austria

e-mail: <a href="mailto:georg.mlynek@univie.ac.at" target="_blank">georg.mlynek@univie.ac.at</a>
mobil: <a href="tel:%2B43%20660%2042%20195%2007" value="+436604219507" target="_blank">+43 660 42 195 07</a>
office: <a href="tel:%2B43-1-4277-52263" value="+431427752263" target="_blank">+43-1-4277-52263</a></pre>
  </font></span></div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Morten K Grøftehauge, PhD <div>Pohl Group</div><div>Durham University</div><br>
</div>