<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,<div><br></div><div>Could you double-check the two log files to see whether there was an input error? &nbsp;I agree that the second eLLG result looks more realistic, so I'm wondering if the same information was given about sequence identity and composition of the asymmetric unit. &nbsp;If all the input is the same, that would mean we have a bug to track down.</div><div><br></div><div>On the memory leak question, we'll have to look into which version of gcc is used to compile Phaser with OpenMP support. &nbsp;Unfortunately, there do seem to be problems with older versions of gcc (e.g. the 4.2.1 version distributed with Macs) giving memory leaks. &nbsp;The same code compiled with newer versions of gcc (something like 4.4 or newer, if I remember correctly) works fine.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><br></div><div>Randy</div><div><br><div><div>On 19 Nov 2012, at 09:45, Morten Groftehauge wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi guys,<div><br></div><div>I was trying out the new Parallel Phaser (dev-1214) and using a model prepared by Rosetta covering 25% of the total structure (32% identity to the homology model), NCS = 2. 5 models actually but not really relevant since the program spontaneously stopped running after a couple of hours (I love what it's supposed to do though!). My question is about the log however. In the&nbsp;Parallel Phaser log it says:</div>
<div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;Expected LLG and Resolution Limits</font></div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;----------------------------------</font></div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;Expected LLG target: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;120.00</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;Expected LLG achieved: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;120.0</font></div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;Resolution of All Data: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.38</font></div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;Resolution limited by eLLG target: 4.83</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp; &nbsp; This resolution WILL NOT be used as the default</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;The expected LLG achieved is greater than 120 (eLLG target)</font></div>
<div><br></div><div>but when I tried to recreate that run in the regular Phaser-MR I get this message in the log</div><div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;Expected LLG and Resolution Limits</font></div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;----------------------------------</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;Expected LLG target: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;120.00</font></div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;Expected LLG achieved: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;49.7</font></div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;Resolution of All Data: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.38</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp;Resolution limited by eLLG target: 2.38</font></div><div><font face="courier new, monospace">&nbsp; &nbsp; &nbsp; This resolution WILL NOT be used as the default</font></div><div><br></div><div>
&nbsp; &nbsp;The expected LLG achieved is less than 60 (half eLLG target)</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; FTF rescoring WILL be performed due to low expected LLG signal</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Deep search will be performed from the start</div></div><div><br>
</div><div>I think the second result looks more realistic (unfortunately) but I still don't understand why the difference?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Morten</div><div><br></div><div>PS Seems like there's a memory leak in 1214 and 1207 when I run the Phaser step of MR_Rosetta. Does this sound right? Definitely in 1207 but it seems like it's still there in 1214.</div>
<div><br></div>-- <br>Morten K Gr°ftehauge, PhD&nbsp;<div>Pohl Group</div><div>Durham University</div><br>
</div>
_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div>------</div><div>Randy J. Read</div><div>Department of Haematology, University of Cambridge</div><div>Cambridge Institute for Medical Research &nbsp; &nbsp; &nbsp;Tel: + 44 1223 336500</div><div>Wellcome Trust/MRC Building &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Fax: + 44 1223 336827</div><div>Hills Road &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;E-mail: <a href="mailto:rjr27@cam.ac.uk">rjr27@cam.ac.uk</a></div><div>Cambridge CB2 0XY, U.K. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www-structmed.cimr.cam.ac.uk</div></span></span>
</div>
<br></div></body></html>