<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left">Dear Phenix group,</p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left"> </p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left">I am trying to decide
which electron density map to use for rebuilding my structure in Coot. Both 2Fo-Fc maps
appear quite similar at the 1 sigma level but the absolute electrons per cubic
Angstrom (e/A^3) is very different.</p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left"> </p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left">When contoured at 1.00 rmsd
in coot, these are the e/A^3 levels (Coot calls them absolute levels):</p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left;margin-left:40px" align="left">Map #1 2Fo-Fc: 0.0044
e/A^3</p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left;margin-left:40px" align="left">Map #2 2Fo-Fc: 0.0832
e/A^3</p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left"> </p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left">Map #1 was generated
using a twinning operator that is typically required for this crystal form. Map
#2 was generated without the twinning operator and it tends to have slightly
better 2Fo-Fc density, and there is a bit more density (or noise?) in the Fo-Fc
map.</p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left"> </p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left">The structure was refined
in Phenix and gave a similar Rfree regardless of whether a twinning operator
was used.</p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left"> </p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left">What does it mean to have
this 20-fold difference in electrons per cubic Angstroms for my maps? Which map
should I use?</p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left"> </p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left">Thanks for your help!</p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left"> </p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left">-Sam</p><p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left"><br></p><p class="MsoNormal" style="text-align:left" align="left">PS: The Fo-Fc map in Map#2 also contours at a much higher absolute e/A^3 level.<br>
</p>