<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Yarrow,<br>
      <br>
      thanks for sending log files.<br>
      Completeness reported in log files reflects the content of input
      MTZ data files:<br>
      <br>
      <big><b>32.log:</b></big><br>
      (...)<br>
      F-obs:<br>
      (...)<br>
      Miller array info:
(...)/reflectionsFreeR_1.38A.mtz:F_New(+),SIGF_New(+),F_New(-),SIGF_New(-),systematic_absences_eliminated<br>
      Observation type: xray.amplitude<br>
      Type of data: double, size=325598<br>
      Type of sigmas: double, size=325598<br>
      Number of Miller indices: 325598<br>
      Anomalous flag: True<br>
      Unit cell: (64.3967, 68.0966, 103.663, 90, 96.1167, 90)<br>
      Space group: P 1 21 1 (No. 4)<br>
      Systematic absences: 0<br>
      Centric reflections: 4910<br>
      Resolution range: 43.7941 1.3786<br>
      Completeness in resolution range: 0.901282<br>
      Completeness with d_max=infinity: 0.901259<br>
      (...)<br>
      <br>
      and<br>
      <br>
      <big><b>35.log:</b></big><br>
      (...)<br>
      I-obs:<br>
      (...)<br>
      Miller array info:
(...)/reflectionsFandIFreeR_1.38A.mtz:IMEAN_New,SIGIMEAN_New,systematic_absences_eliminated<br>
      Observation type: xray.intensity<br>
      Type of data: double, size=181940<br>
      Type of sigmas: double, size=181940<br>
      Number of Miller indices: 181940<br>
      Anomalous flag: False<br>
      Unit cell: (64.3967, 68.0966, 103.663, 90, 96.1167, 90)<br>
      Space group: P 1 21 1 (No. 4)<br>
      Systematic absences: 0<br>
      Centric reflections: 4910<br>
      Resolution range: 43.7941 1.3786<br>
      Completeness in resolution range: 0.992202<br>
      Completeness with d_max=infinity: 0.992164<br>
      (...)<br>
      <br>
      The numbers above are reported before anything else is done, that
      is they reflect exactly what's in input MTZ files.<br>
      <br>
      Somehow you managed to loose ~10% of data when converting Iobs
      into Fobs. How did you do this conversion? In theory this is
      possible since French&amp;Wilson Iobs-&gt;Fobs conversion may
      result on some number of reflections lost. Note, when
      phenix.refine does IMEAN-&gt;Fobs conversion (35.log file) this
      does not result in ~10% loss.<br>
      <br>
      So based on looking at log files I can say it's not phenix.refine
      that manipulated your data or reported it wrong. You lost
      reflections at previous steps.<br>
      <br>
      Pavel<br>
      <br>
      On 12/4/12 4:57 PM, Yarrow Madrona wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:58502b8e38ea9e54f2eadc5b87ea380a.squirrel@webmail.uci.edu"
      type="cite">
      <pre wrap="">Hi,

Here are the log files for refinement you asked for.

35.log is refined with Intensities. The MTZ file has a slightly different
name but it is the same MTZ. One had Intensities taken out of it because I
didn't think I needed them any longer.

32.log is refined with structure factors. Intensities were removed.

Thanks for your help!

-Yarrow



</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>