<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Dear Appu,<br>
<br>
The map of the omitted region is indeed supposed to be just a box. It is provided so that you can verify that the region that was omitted is the region you wanted omitted.&nbsp;
<br>
<br>
If you want a nice picture of the remainder of the molecule, then I'd just calculate a 2mFo-DFc map after deleting the ligand.&nbsp; (As an aside, you could of course have calculated your SA-omit map that way too, just deleting the ligand and running SA refinement).<br>
<br>
I hope that helps!<br>
All the best,<br>
Tom T<br>
<br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF69165"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [phenixbb-bounces@phenix-online.org] on behalf of Appu kumar [appu.kumar9@gmail.com]<br>
<b>Sent:</b> Sunday, December 09, 2012 9:17 PM<br>
<b>To:</b> phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] Simulated annealing map<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">Thank you Terwilliger, Thomas for you quick reply, for guiding me on how to make simulated annealing omit map. Now i am able to make it but i have one question. i want to show the SA omit map of ligand with the map of omitted region around ligand.
 I tried it, i got the map also, but the omitted map of region around ligand is show in recatangular box which is not as great as of ligand inside the omitted region.
<br>
Thank you</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>