Jan<div><br></div><div>I&#39;d still interested in seeing the &quot;wrong&quot; geometry.</div><div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Nigel<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 12, 2012 at 9:55 AM, Jan van Agthoven <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:janccp4@gmail.com" target="_blank">janccp4@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto"><div>Sorry Nigel! I think I got a little confused here. The question was about the configuration of the ASN-NAG link. But by modifying it with Coot it remains correct after refinement. So problem solved. Sorry for the inconvenience.<br>

<br>Sent from my iPodu</div><div><div class="h5"><div><br>On Dec 10, 2012, at 2:38 PM, Nigel Moriarty &lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov" target="_blank">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br><br></div><blockquote type="cite">

<div>Jan<div><br></div><div>NAG is the beta form. NDG is the alpha form. You may have an incorrect geometry.</div><div><br></div><div>Are you asking how to link two carbohydrate units?</div><div><br></div><div>If you can send me the model.pdb I will take a look.</div>



<div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Nigel</div><div><br></div><div>NB. Any files sent to me will be held in strictest confidence.<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 10, 2012 at 7:41 AM, Jan van Agthoven <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:janccp4@gmail.com" target="_blank">janccp4@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>



<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi everyone,<br>
I refined my structure using phenix.refine and used the following<br>
parameters to define the ASN-NAG link:<br>
refinement.pdb_interpretation.apply_cif_link {<br>
� data_link = NAG-ASN<br>
� residue_selection_1 = chain A and resname NAG and resseq �x<br>
� residue_selection_2 = chain A and resname ASN and resseq � y<br>
}<br>
<br>
However I would like the glycosylation to be Beta (NAG in Beta configuration).<br>
How can I define this in the parameter file?<br>
Thanks,<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : <a href="tel:510-486-5709" value="+15104865709" target="_blank">510-486-5709</a>� �� Email : <a href="mailto:NWMoriarty@LBL.gov" target="_blank">NWMoriarty@LBL.gov</a><br>



Fax�� : <a href="tel:510-486-5909" value="+15104865909" target="_blank">510-486-5909</a>� � �� Web� : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a><br>
</div>
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>phenixbb mailing list</span><br><span><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a></span><br>

<span><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a></span><br></div></blockquote></div></div></div><br>_______________________________________________<br>


phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709� �� Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax�� : 510-486-5909� � �� Web� : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a><br>
</div>