<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto"><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Hello all,<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">I have been trying (desperetly) to run the Rosetta_MR.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">I have encountered some problems with my data, so I switched to the "HNP3-mr-rosetta" tutorial dataset.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">I followd the debugging suggestions in the instructions webpage with no improvement. It seems that I have a problem in the rebuild stage.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Attached are the RUN_FILE_1.log from REBUILD_IN_SETS_5 and ../WORK_1/rebuild.log. The edited_align.ali file cannot be opened for some reason.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Another issue is that the map used is being taken from "overall_best_denmod_map_coeffs_nf.map" instead of "cycle_best" (as is in the tutorial's mr_rosetta_output log). this seems to produce an error (last log file attached).<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">What should I do next?<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Thank you,<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Yoni<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Parameters taken from: /Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_5/PARAMS_1.eff<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mr_rosetta_rebuild<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">#<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);"># Run automr mr_rosetta_rebuild with rosetta<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);"># Type phenix.doc for help<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Values of all params:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">mr_rosetta_rebuild {<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; input_files {<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; model = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_1/AutoMR_run_1_/1zmm_mr.1.pdb"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; map = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_1/AutoBuild_run_1_/overall_best_denmod_map_coeffs_nf.map"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; seq_file = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/EDITED_1dfn.seq"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; hhr_files = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; alignment_files = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_1/edited_align.ali"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; model_info_file = ""<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; fragment_files = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/phaser_rosetta/aat000_09_05.200_v1_3.gz"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; fragment_files = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/phaser_rosetta/aat000_03_05.200_v1_3.gz"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; fragment_files_chain_list = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; fragment_files_9_mer_by_chain = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; fragment_files_3_mer_by_chain = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; use_dummy_fragment_files = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; sort_fragment_files = True<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; }<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; output_files {<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; log = "mr_rosetta_rebuild.log"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; params_out = "mr_rosetta_rebuild_params.eff"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; }<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; directories {<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; temp_dir = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_5/RUN_1"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; workdir = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_5/RUN_1"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; output_dir = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_5/RUN_1"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; gui_output_dir = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; top_output_dir = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; rosetta_path = "/Users/administrator/rosetta_3.4"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; rosetta_binary_dir = "rosetta_source/bin"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; rosetta_binary_name = "mr_protocols.default.macosgccrelease"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; rosetta_script_dir = "rosetta_source/src/apps/public/electron_density"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; rosetta_pilot_script_dir = "rosetta_source/src/apps/pilot/frank/"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; rosetta_database_dir = "rosetta_database"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; }<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; rosetta_rebuild {<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; run_rosetta_rebuild = True<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; stage_to_rebuild = "rescored_mr_solution"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; max_solutions_to_rebuild = 5<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; min_solutions_to_rebuild = 1<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; llg_percent_of_max_to_keep = 50<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; rosetta_models = 20<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; chunk_size = 1<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; edit_model = True<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; superpose_model = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; }<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; rosetta_modeling {<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; map_resolution = 3<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; map_grid_spacing = 1.5<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; map_weight = 1<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; map_window = 5<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; include_solvation_energy = True<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; weights_file = ""<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; }<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; crystal_info {<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; resolution = 0<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; space_group = "P 21 21 2"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; chain_type = *PROTEIN DNA RNA<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; ncs_copies = 1<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; }<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; control {<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; verbose = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; debug = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; raise_sorry = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; dry_run = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; nproc = 1<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; group_run_command = "sh "<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; queue_commands = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; condor_universe = "vanilla"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; add_double_quotes_in_condor = True<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; condor = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; one_subprocess_level = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; single_run_command = "sh "<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; last_process_is_local = True<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; background = True<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; ignore_errors_in_subprocess = True<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; check_run_command = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; max_wait_time = 100<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; wait_between_submit_time = 1<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; wizard_directory_number = 14<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; n_dir_max = 100000<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; number_to_print = 5<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; write_run_directory_to_file = "/Users/administrator/Yoni/Rosettal<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_5/INFO_FILE_1"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; resolve_command_list = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; start_point = place_model rescore_mr rosetta_rebuild rosetta_rescore \<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; similarity refine_top_models average_density_top_models \<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; relax_top_models autobuild_top_models \<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; setup_repeat_mr_rosetta repeat_mr_rosetta<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; stop_point = place_model rescore_mr rosetta_rebuild rosetta_rescore \<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;similarity refine_top_models average_density_top_models \<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; relax_top_models autobuild_top_models \<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; setup_repeat_mr_rosetta repeat_mr_rosetta<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; clean_up = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; }<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; non_user_params {<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; file_base = "1zmm_mr.1"<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; print_citations = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; highest_id = 10<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; is_sub_process = True<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; dummy_autobuild = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; dummy_refinement = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; dummy_rosetta = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; prerefine_only = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; skip_clash_guard = True<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; correct_special_position_tolerance = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; comparison_mtz = ""<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; labin_comparison_mtz = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; write_local_files = False<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;&nbsp;&nbsp; rosetta_fixed_seed = None<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; }<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">}<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Starting mr_rosetta_rebuild<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Date: Thu Dec 20 14:44:49 2012<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Directory: /Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_5<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">HOST = ZagottasMacPro.local<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">HOSTTYPE = intel-mac<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">MACHTYPE = x86_64<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">OSTYPE = darwin<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">VENDOR = apple<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">USER = administrator<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">PID = 36828<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Checking rosetta paths:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; rosetta binary:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.4/rosetta_source/bin/mr_protocols.default.macosgccrelease<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; database_dir: /Users/administrator/rosetta_3.4/rosetta_database<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp; script_dir: /Users/administrator/rosetta_3.4/rosetta_source/src/apps/public/electron_density<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">pilot_script_dir:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.4/rosetta_source/src/apps/pilot/frank/<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Changing to work directory: /Users/administrator/Yoni/Rosettal<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_5/RUN_1<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Rebuilding the model /Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_1/AutoMR_run_1_/1zmm_mr.1.pdb<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">with rosetta<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Rebuilding model using map at resolution of&nbsp;&nbsp; 3.0 A<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Generating 20 rebuilt models<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">================================================================================<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Reading model from /Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_1/AutoMR_run_1_/1zmm_mr.1.pdb<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">================================================================================<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">ALIGNMENT LINES:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">## TARGET 1zmm_<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);"># hhsearch<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">scores_from_program: 0 1.00<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">0 DCYCRIPACIAGERRYGTCIYQGRLWAFCC<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">1 -CYCRIPACIAGERRYGTCIYQGRLWAFCC<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">--<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Trying to adjust the PDB sequence from alignment file:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">-CYCRIPACIAGERRYGTCIYQGRLWAFCC<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">to match the actual PDB sequence:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">YCRIPACIAGERRYGTCIYQGRLWAFCC<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">New alignment line 4 for PDB:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">1 --YCRIPACIAGERRYGTCIYQGRLWAFCC<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Start position of target sequence in sequence file:&nbsp; 0<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Aligned model for comparison: /Users/administrator/Yoni/Rosettal<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_5/RUN_1/WORK_1/aligned_model.pdb<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Log for rebuilding: /Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_5/RUN_1/WORK_1/rebuild.log<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">**************ERROR ENDING********************** Failed to run REBUILD...see log file in /Users/administrator/Yoni/Rosettal tutorial data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_5/RUN_1/WORK_1/rebuild.log<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">**************ERROR ENDING**********************<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">---<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Here is ../WORK_1/rebuild.log:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.init: Mini-Rosetta version unknown from unknown<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.init: command:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.4/rosetta_source/bin/mr_protocols.default.macosgccrelease<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">@rebuild.flags<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.init: 'RNG device' seed mode, using '/dev/urandom',<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">seed=<a href="tel:345021854" x-apple-data-detectors="true" x-apple-data-detectors-type="telephone" x-apple-data-detectors-result="3">345021854</a>&nbsp;seed_offset=0 real_seed=<a href="tel:345021854" x-apple-data-detectors="true" x-apple-data-detectors-type="telephone" x-apple-data-detectors-result="4">345021854</a><o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.init.random: RandomGenerator:init: Normal mode, seed=<a href="tel:345021854" x-apple-data-detectors="true" x-apple-data-detectors-type="telephone" x-apple-data-detectors-result="5">345021854</a><o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">RG_type=mt19937<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">ERROR: Warning: can't open file /Users/administrator/Yoni/Rosettal/<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">tutorial/ data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_1/edited_align.ali!<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">ERROR:: Exit from: src/core/sequence/util.cc line: 380<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">---<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.init: Mini-Rosetta version exported from unknown<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.init: command:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_source/bin/mr_protocols.default.macosgccrelease<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">@rebuild.flags<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.init: 'RNG device' seed mode, using '/dev/urandom',<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">seed=-340184367 seed_offset=0 real_seed=-340184367<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.init.random: RandomGenerator:init: Normal mode, seed=-340184367<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">RG_type=mt19937<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.ScoreFunctionFactory: SCOREFUNCTION: standard<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.ScoreFunctionFactory: SCOREFUNCTION PATCH: score12<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.etable: Starting energy table calculation<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.etable: smooth_etable: changing atr/rep split to bottom of energy well<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.etable: smooth_etable: spline smoothing lj etables (maxdis = 6)<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.etable: smooth_etable: spline smoothing solvation etables (max_dis = 6)<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.etable: Finished calculating energy tables.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/pdb_pair_stats_fine<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/scoring/score_functions/hbonds/standard_params/HBPoly1D.csv<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/scoring/score_functions/hbonds/standard_params/HBFadeIntervals.csv<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/scoring/score_functions/hbonds/standard_params/HBEval.csv<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/P_AA<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/P_AA_n<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/P_AA_pp<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/Rama_smooth_dyn.dat_ss_6.4<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/env_log.txt<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/cbeta_den.txt<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/pair_log.txt<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.io.database: Database file opened:<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">/Users/administrator/rosetta_3.2/rosetta3.2_bundles/rosetta_database/cenpack_log.txt<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.ScoreFunctionFactory: SCOREFUNCTION: standard<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.ScoreFunctionFactory: SCOREFUNCTION PATCH: score12<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.electron_density.ElectronDensity: Loading Density Map<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.electron_density.ElectronDensity: [ ERROR ]&nbsp; Error opening MRC map /Users/administrator/Yoni/Rosettal\ tutorial\ data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_1/RUN_5/WORK_1/junk/MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_1/AutoBuild_run_1_/overall_best_denmod_map_coeffs_nf.map.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Not loading map.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">core.scoring.electron_density.ElectronDensity: [ ERROR ] Error loading density map named '/Users/administrator/Yoni/Rosettal\ tutorial\ data/HNP3-mr-rosetta/MR_ROSETTA_14/GROUP_OF_ROSETTA_REBUILD_1/RUN_1/REBUILD_IN_SETS_1/RUN_5/WORK_1/junk/MR_ROSETTA_1/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_1/AutoBuild_run_1_/overall_best_denmod_map_coeffs_nf.map'<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">--<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Yoni Haitin, Ph.D.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Department of Physiology and Biophysics<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">University of Washington<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Seattle, WA 98195-7290<o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Email:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:yonihaitin@gmail.com">yonihaitin@gmail.com</a><o:p></o:p></span></p><p class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">Email(2):&nbsp;<a href="mailto:haitinyo@uw.edu">haitinyo@uw.edu</a><o:p></o:p></span></p><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; "><o:p style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">&nbsp;</o:p></p></body></html>