<div dir="ltr">Hi Luca,<div><br></div><div>Glad you were able to find the solution. In the future there will be more flexible handling of chain IDs and segIDs, but for now what you&#39;ve done is the best fix.</div><div><br>

</div><div>Jeff</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 8, 2013 at 8:07 AM, Luca Pellegrini <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lp212@cam.ac.uk" target="_blank">lp212@cam.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Ok, fixed -<br>
<br>
Eugene Valkov suggested using phenix.pdbtools with flags:<br>
<br>
set_seg_id_to_chain_id=True (Sets the segID field to the chain ID).<br>
<br>
or<br>
<br>
clear_seg_id=True (Erases the segID field.)<br>
<br>
I tried the second flag on both working and reference models, and now phenix.den_refine is running.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Luca<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On 8 Jan 2013, at 12:34, Luca Pellegrini wrote:<br>
<br>
&gt; Phenix.den_refine (1.8.1-1168) stops and complains that:<br>
&gt;<br>
&gt; &quot;Sorry: Reference model contains SEGIDs that do not match the working model.&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; I have four chains in both working and reference model, ordered in the same way (A to D). Chains A and C are the same molecule, and chains B and D are also the same. Can you please advice? Some of the chains in the reference model contain more residues, is this a problem?<br>


&gt;<br>
&gt; Thanks for your help.<br>
&gt;<br>
&gt; Luca<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Luca Pellegrini<br>
&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; University of Cambridge<br>
&gt; 80 Tennis Court Road<br>
&gt; Cambridge CB2 1GA - UK<br>
&gt;<br>
&gt; Email: <a href="mailto:lp212@cam.ac.uk">lp212@cam.ac.uk</a><br>
&gt; Tel: 0044-1223-760469<br>
&gt; Fax: 0044-1223-766002<br>
&gt; Sanger building, room 3.59<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br>
Luca Pellegrini<br>
Department of Biochemistry<br>
University of Cambridge<br>
80 Tennis Court Road<br>
Cambridge CB2 1GA - UK<br>
<br>
Email: <a href="mailto:lp212@cam.ac.uk">lp212@cam.ac.uk</a><br>
Tel: 0044-1223-760469<br>
Fax: 0044-1223-766002<br>
Sanger building, room 3.59<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>