<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi,<br>
      <br>
      what kind of file you use to see the map in Coot: Fourier map
      coefficients (MTZ file) or actual map (CCP4 binary formatted file
      with the map)? I need to know this before offering a first guess
      on what may be the reason for this.<br>
      <br>
      Pavel<br>
      &nbsp;<br>
      On 1/13/13 11:38 AM, CPMAS Chen wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAAU4GKafXqGesovngWD3Esfhp_Aj7RfUOL7xsdntrZmkFvNuVg@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear PhenixBBer,
      <div><br>
      </div>
      <div>I recently updated my old phenix-1.6.4-486 to
        phenix-dev-1266. To my&nbsp;surprise, the absolute electron density
        on the 2Fo-Fc map is quite different.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><a moz-do-not-send="true"
          href="https://www.dropbox.com/s/prs0z8ayb73kg9k/Screenshot_sigma.png">https://www.dropbox.com/s/prs0z8ayb73kg9k/Screenshot_sigma.png</a></div>
      <div><br>
      </div>
      <div>At the same sigma level(1.5), the absolute density of the
        violet map is 0.32e/A^3 (phenix-dev-1266), while that of the
        blue map is 0.01e/A^3(phenix-1.6.4-486). Besides the different
        phenix used, there is no other difference on the data and model
        used.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Sam encountered a similar problem on the density.&nbsp;</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><a moz-do-not-send="true"
href="http://phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2012-December/019226.html">http://phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2012-December/019226.html</a>&nbsp;</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>By the way, is there a simple way to keep only F and SIGF
        column of the autoxds generated truncate.mtz via phenix? the GUI
        does not allow to reduce columns. I normally use IMEAN and
        SIGIMEAN to do refinement, but this may not be necessary as it
        is pointed in the maillist, since the intensity is already
        transformed to amplitude after truncation in autoxds.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I can specify labels by xray_data.labels = "F, SIGF", but
        apparently phenix treats it as containing anomalous data. the
        following is extracted from the refine pdb file</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        MIN(FOBS/SIGMA_FOBS) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: 1.16 &nbsp;</div>
      <div>REMARK &nbsp; 3 &nbsp; COMPLETENESS FOR RANGE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;(%) : 97.11&nbsp;</div>
      <div>REMARK &nbsp; 3 &nbsp; NUMBER OF REFLECTIONS &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : 143207 &nbsp; &nbsp;</div>
      <div>REMARK &nbsp; 3 &nbsp; NUMBER OF REFLECTIONS (NON-ANOMALOUS) : 73247</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Also, in the auto generated def file,&nbsp;</div>
      <div>xray_data.labels = "F, SIGF, DANO, SIGDANO"</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Or there is a work round for this issue?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks!&nbsp;<br clear="all">
        <div><br>
        </div>
        -- <br>
        <p>***************************************************</p>
        <p>Charles Chen</p>
        <p>Research Associate</p>
        <p>University of Pittsburgh School of Medicine</p>
        <p>Department of Anesthesiology</p>
        <p>******************************************************</p>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>