Raj<div><br></div><div>In the more recent versions of PHENIX, phenix.refine can found and link atoms closer than 3 angstrom if you specify intra_chain=True. In the older versions, you can use phenix.ligand_linking to generate the needed files.</div>

<div><br></div><div>Nigel</div><div><br></div><div>PS PHENIX does not read SSBOND or LINK records but there is a script to generate the link files from the LINK records.<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 12, 2013 at 11:56 PM, Sabine Schneider <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sabine.schneider@mytum.de" target="_blank">sabine.schneider@mytum.de</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>Hello Raj,<br>
      <br>
      do you have the link specified in you PDB file?<br>
      Here is an example for an disulphide bond. Usually the link is the
      line above the CRYST1 card.<br>
      <br>
      SSBOND   1 CYS A  123    CYS A  123                         
      1555   8555  2.12  <br>
      <br>
      Best,<br>
      Sabine<div><div class="h5"><br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      On 02/12/2013 11:21 PM, Rajeshwer Sankhala wrote:<br>
    </div></div></div>
    <blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      
      
      <div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">
        <p>Hello,</p>
        <p>I can see additional density just next to Cys residues in my
          protein structure and it looks like BME is covalently linked
          to cys. I could form a disulfide bond between BME and Cys in
          &quot;Refmac 5 review restrain&quot; but when i subject it for
          refinement BME is thrown away (no disulfide bond). I also
          given Cif file in refinement but it didnot help. I have a feel
          that i am missing something in cif file. Can anyone suggest
          step  by step starting from adding BME to making a link with
          BME (Cys-BME) and then refinement?</p>
        <p> </p>
        <p>Raj</p>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div>