That will work also.<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 13, 2013 at 2:34 PM, Abhinav Kumar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:abhinavk@slac.stanford.edu" target="_blank">abhinavk@slac.stanford.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div>How about using residue CME which is
      the CYS and BME linked together.<br>
      CME is included in the CCP4 monomer library, and so Phenix should
      accept it without a dictionary file.<br>
      <br>
      <div><font face="Verdana" color="#000099">
          Thanks, <br>
          Abhinav </font>
        <p><font face="Verdana" color="#000099">
          </font>
          <font face="Verdana" color="#0099AA">
            JCSG@SSRL, SLAC <br>
            <a href="tel:%28650%29%20926-2992" value="+16509262992" target="_blank">(650) 926-2992</a> <br>
          </font></p>
      </div><div><div class="h5">
      On 02/13/2013 01:02 PM, Nigel Moriarty wrote:<br>
    </div></div></div><div><div class="h5">
    <blockquote type="cite">Raj
      <div><br>
      </div>
      <div>In the more recent versions of PHENIX, phenix.refine can
        found and link atoms closer than 3 angstrom if you specify
        intra_chain=True. In the older versions, you can use
        phenix.ligand_linking to generate the needed files.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Nigel</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>PS PHENIX does not read SSBOND or LINK records but there is a
        script to generate the link files from the LINK records.<br>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On Tue, Feb 12, 2013 at 11:56 PM,
          Sabine Schneider <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sabine.schneider@mytum.de" target="_blank">sabine.schneider@mytum.de</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
              <div>Hello Raj,<br>
                <br>
                do you have the link specified in you PDB file?<br>
                Here is an example for an disulphide bond. Usually the
                link is the line above the CRYST1 card.<br>
                <br>
                SSBOND   1 CYS A  123    CYS A 
                123                          1555   8555  2.12  <br>
                <br>
                Best,<br>
                Sabine
                <div>
                  <div><br>
                    <br>
                    <br>
                    <br>
                    <br>
                    <br>
                    On 02/12/2013 11:21 PM, Rajeshwer Sankhala wrote:<br>
                  </div>
                </div>
              </div>
              <blockquote type="cite">
                <div>
                  <div>
                    <div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">
                      <p>Hello,</p>
                      <p>I can see additional density just next to Cys
                        residues in my protein structure and it looks
                        like BME is covalently linked to cys. I could
                        form a disulfide bond between BME and Cys in
                        &quot;Refmac 5 review restrain&quot; but when i subject it
                        for refinement BME is thrown away (no disulfide
                        bond). I also given Cif file in refinement but
                        it didnot help. I have a feel that i am missing
                        something in cif file. Can anyone suggest step 
                        by step starting from adding BME to making a
                        link with BME (Cys-BME) and then refinement?</p>
                      <p> </p>
                      <p>Raj</p>
                    </div>
                    <br>
                    <fieldset></fieldset>
                    <br>
                  </div>
                </div>
                <pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
            <br>
            _______________________________________________<br>
            phenixbb mailing list<br>
            <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
            <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
            <br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
        <br clear="all">
        <div><br>
        </div>
        -- <br>
        Nigel W. Moriarty<br>
        Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>
        Lawrence Berkeley National Laboratory<br>
        Berkeley, CA 94720-8235<br>
        Phone : <a href="tel:510-486-5709" value="+15104865709" target="_blank">510-486-5709</a>     Email : <a href="mailto:NWMoriarty@LBL.gov" target="_blank">NWMoriarty@LBL.gov</a><br>
        Fax   : <a href="tel:510-486-5909" value="+15104865909" target="_blank">510-486-5909</a>       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>