Raj<div><br></div><div>You should look in the .geo file to see if there is a bond as you can&#39;t REALLY tell from the .pdb. I wrote a simple script</div><div><br></div><div>elbow.refine_geo_display model.geo BME CYS</div>

<div><br></div><div>will tell you if it worked.</div><div><br></div><div>I will take a look if you send the files directly to me.</div><div><br></div><div>Nigel</div><div><br></div><div>NB. Any files sent to me will be held in strictest confidence.<br>

<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 15, 2013 at 2:04 PM, Rajeshwer Sankhala <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Rajeshwer.Sankhala@jefferson.edu" target="_blank">Rajeshwer.Sankhala@jefferson.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">
<p><em>Hello Nat,</em></p>
<p><em></em> </p>
<p><em>Thank you so much for your suggestion. I  did run phenix refinement in nightly build phenix version with &quot;</em></p>
<p><em>intra_chain = True &quot; command. This time refinement worked but again in out put pdb no disulfide bond is estabilished between cys and BME. I provided .pdb, .mtz and .cif files as input. Well can you please suggest me how i can provide both BME and Cys-BME
 (SS bond) restrains in .cif file? if that happens then i feel refinement should work. I am attaching my .cis file below please have a look and tell me if anything wrong with this?</em></p>
<p> </p>
<p>BME.cif</p>
<p> </p>
<div>
<div>
<div>
<div dir="ltr"><font color="black" face="Tahoma"><span style="FONT-SIZE:10pt" dir="ltr"># electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)<br>
#   - a module of PHENIX version 1.8.1-1168 (Mon Sep 28 16:48:00 2012)<br>
#   - file written: Sat Jan 26 17:25:31 2013<br>
#<br>
#   Input file: Ref226_154-331-VLD2-BME.pdb<br>
#   Random seed: 3628800<br>
#   Residue: BME<br>
#<br>
data_comp_list<br>
loop_<br>
_<a href="http://chem_comp.id" target="_blank">chem_comp.id</a><br>
_chem_comp.three_letter_code<br>
_<a href="http://chem_comp.name" target="_blank">chem_comp.name</a><br>
_chem_comp.group<br>
_chem_comp.number_atoms_all<br>
_chem_comp.number_atoms_nh<br>
_chem_comp.desc_level<br>
BME        BME &#39;Unknown                  &#39; ligand 10 4 .<br>
#<br>
data_comp_BME<br>
#<br>
loop_<br>
_chem_comp_atom.comp_id<br>
_chem_comp_atom.atom_id<br>
_chem_comp_atom.type_symbol<br>
_chem_comp_atom.type_energy<br>
_chem_comp_atom.partial_charge<br>
_chem_comp_atom.x<br>
_chem_comp_atom.y<br>
_chem_comp_atom.z<br>
BME         S      S   S2    .        -19.3229  -20.3986   17.2400<br>
BME         H5     H   H     .        -18.1988  -20.0550   17.0819<br>
BME         C1     C   CH2   .        -19.3558  -21.8852   18.1928<br>
BME         H3     H   HCH2  .        -18.8480  -21.7572   19.0093<br>
BME         H4     H   HCH2  .        -18.9637  -22.6079   17.6781<br>
BME         C      C   CH2   .        -20.7668  -22.2261   18.5333<br>
BME         H1     H   HCH2  .        -21.1200  -21.5643   19.1482<br>
BME         H2     H   HCH2  .        -20.7965  -23.1021   18.9488<br>
BME         O      O   OH1   .        -21.5280  -22.2370   17.3822<br>
BME         H      H   HOH1  .        -22.3435  -22.5247   17.5704<br>
#<br>
loop_<br>
_chem_comp_bond.comp_id<br>
_chem_comp_bond.atom_id_1<br>
_chem_comp_bond.atom_id_2<br>
_chem_comp_bond.type<br>
_chem_comp_bond.value_dist<br>
_chem_comp_bond.value_dist_esd<br>
BME   S       H5    single        1.186 0.020<br>
BME   S       C1    single        1.766 0.020<br>
BME   C1      H3    single        0.970 0.020<br>
BME   C1      H4    single        0.970 0.020<br>
BME   C1      C     single        1.491 0.020<br>
BME   C       H1    single        0.970 0.020<br>
BME   C       H2    single        0.970 0.020<br>
BME   C       O     single        1.380 0.020<br>
BME   O       H     single        0.885 0.020<br>
#<br>
loop_<br>
_chem_comp_angle.comp_id<br>
_chem_comp_angle.atom_id_1<br>
_chem_comp_angle.atom_id_2<br>
_chem_comp_angle.atom_id_3<br>
_chem_comp_angle.value_angle<br>
_chem_comp_angle.value_angle_esd<br>
BME   C1      S       H5          109.48 3.000<br>
BME   C       C1      H4          109.47 3.000<br>
BME   C       C1      H3          109.47 3.000<br>
BME   H4      C1      H3          109.47 3.000<br>
BME   C       C1      S           109.47 3.000<br>
BME   H4      C1      S           109.47 3.000<br>
BME   H3      C1      S           109.47 3.000<br>
BME   O       C       H2          109.47 3.000<br>
BME   O       C       H1          109.47 3.000<br>
BME   H2      C       H1          109.47 3.000<br>
BME   O       C       C1          109.47 3.000<br>
BME   H2      C       C1          109.47 3.000<br>
BME   H1      C       C1          109.47 3.000<br>
BME   H       O       C           109.48 3.000<br>
#<br>
loop_<br>
_chem_comp_tor.comp_id<br>
_<a href="http://chem_comp_tor.id" target="_blank">chem_comp_tor.id</a><br>
_chem_comp_tor.atom_id_1<br>
_chem_comp_tor.atom_id_2<br>
_chem_comp_tor.atom_id_3<br>
_chem_comp_tor.atom_id_4<br>
_chem_comp_tor.value_angle<br>
_chem_comp_tor.value_angle_esd<br>
_chem_comp_tor.period<br>
BME Var_01         O       C       C1      S            52.25  30.0 3<br>
BME Var_02         H1      C       C1      S           -67.75  30.0 3<br>
BME Var_03         H2      C       C1      S           172.25  30.0 3<br>
BME Var_04         O       C       C1      H3          172.25  30.0 3<br>
BME Var_05         O       C       C1      H4          -67.75  30.0 3<br>
#<br>
loop_<br>
_<a href="http://chem_link.id" target="_blank">chem_link.id</a><br>
_chem_link.comp_id_1<br>
_chem_link.mod_id_1<br>
_chem_link.group_comp_1<br>
_chem_link.comp_id_2<br>
_chem_link.mod_id_2<br>
_chem_link.group_comp_2<br>
_<a href="http://chem_link.name" target="_blank">chem_link.name</a><br>
CYS-BME  CYS      DEL-HG   .        BME   DEL-HS     .  SS-bridge<br>
#<br>
</span></font></div>
</div>
</div>
</div>

<p><em></em> </p>
<p><em></em> </p>
<p><em>Thanks</em></p>
<p><em></em> </p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div>