Raj<div><br></div><div>You should look in the .geo file to see if there is a bond as you can&#39;t REALLY tell from the .pdb. I wrote a simple script</div><div><br></div><div>elbow.refine_geo_display model.geo BME CYS</div>

<div><br></div><div>will tell you if it worked.</div><div><br></div><div>I will take a look if you send the files directly to me.</div><div><br></div><div>Nigel</div><div><br></div><div>NB. Any files sent to me will be held in strictest confidence.<br>

<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 15, 2013 at 2:04 PM, Rajeshwer Sankhala <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Rajeshwer.Sankhala@jefferson.edu" target="_blank">Rajeshwer.Sankhala@jefferson.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">
<p><em>Hello Nat,</em></p>
<p><em></em>�</p>
<p><em>Thank you so much for your suggestion. I� did run phenix refinement in nightly build phenix version with &quot;</em></p>
<p><em>intra_chain = True &quot; command. This time refinement worked but again in out put pdb no disulfide bond is estabilished between cys and BME. I provided .pdb, .mtz and .cif files as input. Well can you please suggest me how i can provide both BME and Cys-BME
 (SS bond) restrains in .cif file? if that happens then i feel refinement should work. I am attaching my .cis file below please have a look and tell me if anything wrong with this?</em></p>
<p>�</p>
<p>BME.cif</p>
<p>�</p>
<div>
<div>
<div>
<div dir="ltr"><font color="black" face="Tahoma"><span style="FONT-SIZE:10pt" dir="ltr"># electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)<br>
#�� - a module of PHENIX version 1.8.1-1168 (Mon Sep 28 16:48:00 2012)<br>
#�� - file written: Sat Jan 26 17:25:31 2013<br>
#<br>
#�� Input file: Ref226_154-331-VLD2-BME.pdb<br>
#�� Random seed: 3628800<br>
#�� Residue: BME<br>
#<br>
data_comp_list<br>
loop_<br>
_<a href="http://chem_comp.id" target="_blank">chem_comp.id</a><br>
_chem_comp.three_letter_code<br>
_<a href="http://chem_comp.name" target="_blank">chem_comp.name</a><br>
_chem_comp.group<br>
_chem_comp.number_atoms_all<br>
_chem_comp.number_atoms_nh<br>
_chem_comp.desc_level<br>
BME������� BME &#39;Unknown����������������� &#39; ligand 10 4 .<br>
#<br>
data_comp_BME<br>
#<br>
loop_<br>
_chem_comp_atom.comp_id<br>
_chem_comp_atom.atom_id<br>
_chem_comp_atom.type_symbol<br>
_chem_comp_atom.type_energy<br>
_chem_comp_atom.partial_charge<br>
_chem_comp_atom.x<br>
_chem_comp_atom.y<br>
_chem_comp_atom.z<br>
BME�������� S����� S�� S2��� .������� -19.3229� -20.3986�� 17.2400<br>
BME�������� H5���� H�� H���� .������� -18.1988� -20.0550�� 17.0819<br>
BME�������� C1���� C�� CH2�� .������� -19.3558� -21.8852�� 18.1928<br>
BME�������� H3���� H�� HCH2� .������� -18.8480� -21.7572�� 19.0093<br>
BME�������� H4���� H�� HCH2� .������� -18.9637� -22.6079�� 17.6781<br>
BME�������� C����� C�� CH2�� .������� -20.7668� -22.2261�� 18.5333<br>
BME�������� H1���� H�� HCH2� .������� -21.1200� -21.5643�� 19.1482<br>
BME�������� H2���� H�� HCH2� .������� -20.7965� -23.1021�� 18.9488<br>
BME�������� O����� O�� OH1�� .������� -21.5280� -22.2370�� 17.3822<br>
BME�������� H����� H�� HOH1� .������� -22.3435� -22.5247�� 17.5704<br>
#<br>
loop_<br>
_chem_comp_bond.comp_id<br>
_chem_comp_bond.atom_id_1<br>
_chem_comp_bond.atom_id_2<br>
_chem_comp_bond.type<br>
_chem_comp_bond.value_dist<br>
_chem_comp_bond.value_dist_esd<br>
BME�� S������ H5��� single������� 1.186 0.020<br>
BME�� S������ C1��� single������� 1.766 0.020<br>
BME�� C1����� H3��� single������� 0.970 0.020<br>
BME�� C1����� H4��� single������� 0.970 0.020<br>
BME�� C1����� C���� single������� 1.491 0.020<br>
BME�� C������ H1��� single������� 0.970 0.020<br>
BME�� C������ H2��� single������� 0.970 0.020<br>
BME�� C������ O���� single������� 1.380 0.020<br>
BME�� O������ H���� single������� 0.885 0.020<br>
#<br>
loop_<br>
_chem_comp_angle.comp_id<br>
_chem_comp_angle.atom_id_1<br>
_chem_comp_angle.atom_id_2<br>
_chem_comp_angle.atom_id_3<br>
_chem_comp_angle.value_angle<br>
_chem_comp_angle.value_angle_esd<br>
BME�� C1����� S������ H5��������� 109.48 3.000<br>
BME�� C������ C1����� H4��������� 109.47 3.000<br>
BME�� C������ C1����� H3��������� 109.47 3.000<br>
BME�� H4����� C1����� H3��������� 109.47 3.000<br>
BME�� C������ C1����� S���������� 109.47 3.000<br>
BME�� H4����� C1����� S���������� 109.47 3.000<br>
BME�� H3����� C1����� S���������� 109.47 3.000<br>
BME�� O������ C������ H2��������� 109.47 3.000<br>
BME�� O������ C������ H1��������� 109.47 3.000<br>
BME�� H2����� C������ H1��������� 109.47 3.000<br>
BME�� O������ C������ C1��������� 109.47 3.000<br>
BME�� H2����� C������ C1��������� 109.47 3.000<br>
BME�� H1����� C������ C1��������� 109.47 3.000<br>
BME�� H������ O������ C���������� 109.48 3.000<br>
#<br>
loop_<br>
_chem_comp_tor.comp_id<br>
_<a href="http://chem_comp_tor.id" target="_blank">chem_comp_tor.id</a><br>
_chem_comp_tor.atom_id_1<br>
_chem_comp_tor.atom_id_2<br>
_chem_comp_tor.atom_id_3<br>
_chem_comp_tor.atom_id_4<br>
_chem_comp_tor.value_angle<br>
_chem_comp_tor.value_angle_esd<br>
_chem_comp_tor.period<br>
BME Var_01�������� O������ C������ C1����� S����������� 52.25� 30.0 3<br>
BME Var_02�������� H1����� C������ C1����� S���������� -67.75� 30.0 3<br>
BME Var_03�������� H2����� C������ C1����� S���������� 172.25� 30.0 3<br>
BME Var_04�������� O������ C������ C1����� H3��������� 172.25� 30.0 3<br>
BME Var_05�������� O������ C������ C1����� H4��������� -67.75� 30.0 3<br>
#<br>
loop_<br>
_<a href="http://chem_link.id" target="_blank">chem_link.id</a><br>
_chem_link.comp_id_1<br>
_chem_link.mod_id_1<br>
_chem_link.group_comp_1<br>
_chem_link.comp_id_2<br>
_chem_link.mod_id_2<br>
_chem_link.group_comp_2<br>
_<a href="http://chem_link.name" target="_blank">chem_link.name</a><br>
CYS-BME� CYS����� DEL-HG�� .������� BME�� DEL-HS���� .� SS-bridge<br>
#<br>
</span></font></div>
</div>
</div>
</div>

<p><em></em>�</p>
<p><em></em>�</p>
<p><em>Thanks</em></p>
<p><em></em>�</p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709� �� Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax�� : 510-486-5909� � �� Web� : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div>