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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle">P {

        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px

}

</style>

</head>

<body fPStyle="1" ocsi="0">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">

<p><em>Hello Nat,</em></p>

<p><em></em>&nbsp;</p>

<p><em>Thank you so much for your suggestion. I&nbsp; did run phenix refinement in nightly build phenix version with &quot;</p>

<p><em>intra_chain = True &quot; command. This time refinement worked but again in out put pdb no disulfide bond is estabilished between cys and BME. I provided .pdb, .mtz and .cif files as input. Well can you please suggest me how i can provide both BME and Cys-BME

 (SS bond) restrains in .cif file? if that happens then i feel refinement should work. I am attaching my .cis file below please have a look and tell me if anything wrong with this?</em></p>

<p>&nbsp;</p>

<p>BME.cif</p>

<p>&nbsp;</p>

<div id="divBdy" class="bdyItmPrt" _fAllwCM="1">

<div>

<div>

<div dir="ltr"><font color="black" size="2" face="Tahoma"><span style="FONT-SIZE: 10pt" dir="ltr"># electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)<br>

#&nbsp;&nbsp; - a module of PHENIX version 1.8.1-1168 (Mon Sep 28 16:48:00 2012)<br>

#&nbsp;&nbsp; - file written: Sat Jan 26 17:25:31 2013<br>

#<br>

#&nbsp;&nbsp; Input file: Ref226_154-331-VLD2-BME.pdb<br>

#&nbsp;&nbsp; Random seed: 3628800<br>

#&nbsp;&nbsp; Residue: BME<br>

#<br>

data_comp_list<br>

loop_<br>

_chem_comp.id<br>

_chem_comp.three_letter_code<br>

_chem_comp.name<br>

_chem_comp.group<br>

_chem_comp.number_atoms_all<br>

_chem_comp.number_atoms_nh<br>

_chem_comp.desc_level<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BME 'Unknown&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ' ligand 10 4 .<br>

#<br>

data_comp_BME<br>

#<br>

loop_<br>

_chem_comp_atom.comp_id<br>

_chem_comp_atom.atom_id<br>

_chem_comp_atom.type_symbol<br>

_chem_comp_atom.type_energy<br>

_chem_comp_atom.partial_charge<br>

_chem_comp_atom.x<br>

_chem_comp_atom.y<br>

_chem_comp_atom.z<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp; S2&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -19.3229&nbsp; -20.3986&nbsp;&nbsp; 17.2400<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -18.1988&nbsp; -20.0550&nbsp;&nbsp; 17.0819<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -19.3558&nbsp; -21.8852&nbsp;&nbsp; 18.1928<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; HCH2&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -18.8480&nbsp; -21.7572&nbsp;&nbsp; 19.0093<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; HCH2&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -18.9637&nbsp; -22.6079&nbsp;&nbsp; 17.6781<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -20.7668&nbsp; -22.2261&nbsp;&nbsp; 18.5333<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; HCH2&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -21.1200&nbsp; -21.5643&nbsp;&nbsp; 19.1482<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; HCH2&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -20.7965&nbsp; -23.1021&nbsp;&nbsp; 18.9488<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; OH1&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -21.5280&nbsp; -22.2370&nbsp;&nbsp; 17.3822<br>

BME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; HOH1&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -22.3435&nbsp; -22.5247&nbsp;&nbsp; 17.5704<br>

#<br>

loop_<br>

_chem_comp_bond.comp_id<br>

_chem_comp_bond.atom_id_1<br>

_chem_comp_bond.atom_id_2<br>

_chem_comp_bond.type<br>

_chem_comp_bond.value_dist<br>

_chem_comp_bond.value_dist_esd<br>

BME&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5&nbsp;&nbsp;&nbsp; single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.186 0.020<br>

BME&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.766 0.020<br>

BME&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp; single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.970 0.020<br>

BME&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp; single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.970 0.020<br>

BME&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.491 0.020<br>

BME&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp; single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.970 0.020<br>

BME&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp; single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.970 0.020<br>

BME&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.380 0.020<br>

BME&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.885 0.020<br>

#<br>

loop_<br>

_chem_comp_angle.comp_id<br>

_chem_comp_angle.atom_id_1<br>

_chem_comp_angle.atom_id_2<br>

_chem_comp_angle.atom_id_3<br>

_chem_comp_angle.value_angle<br>

_chem_comp_angle.value_angle_esd<br>

BME&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.48 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.47 3.000<br>

BME&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.48 3.000<br>

#<br>

loop_<br>

_chem_comp_tor.comp_id<br>

_chem_comp_tor.id<br>

_chem_comp_tor.atom_id_1<br>

_chem_comp_tor.atom_id_2<br>

_chem_comp_tor.atom_id_3<br>

_chem_comp_tor.atom_id_4<br>

_chem_comp_tor.value_angle<br>

_chem_comp_tor.value_angle_esd<br>

_chem_comp_tor.period<br>

BME Var_01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52.25&nbsp; 30.0 3<br>

BME Var_02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -67.75&nbsp; 30.0 3<br>

BME Var_03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 172.25&nbsp; 30.0 3<br>

BME Var_04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 172.25&nbsp; 30.0 3<br>

BME Var_05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -67.75&nbsp; 30.0 3<br>

#<br>

loop_<br>

_chem_link.id<br>

_chem_link.comp_id_1<br>

_chem_link.mod_id_1<br>

_chem_link.group_comp_1<br>

_chem_link.comp_id_2<br>

_chem_link.mod_id_2<br>

_chem_link.group_comp_2<br>

_chem_link.name<br>

CYS-BME&nbsp; CYS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DEL-HG&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BME&nbsp;&nbsp; DEL-HS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp; SS-bridge<br>

#<br>

</span></font></div>

</div>

</div>

</div>

</em>

<p><em></em>&nbsp;</p>

<p><em></em>&nbsp;</p>

<p><em>Thanks</em></p>

<p><em></em>&nbsp;</p>

</div>

</body>

</html>