<div dir="ltr">I have a feeling that it&#39;s some problem where the search model and the sequence gets crossed over and since they don&#39;t align Sculptor ends up discarding all the atoms in the search model.<div><br></div>
<div style>I would try the new version with fixed mode and if that doesn&#39;t help I would try it only with the model that covers 2/3rds of your complex. Your solvent content will be wrong but I think you can get through a lot of mr_rosetta before density modification comes into play.</div>
<div style><br></div><div style>Cheers,</div><div style>Morten</div><div style><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 28 February 2013 14:52, Terwilliger, Thomas C <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:terwilliger@lanl.gov" target="_blank">terwilliger@lanl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">Hi Tobias,
<div><br>
</div>
<div>If you download the new phenix version (available now) it should have the option of a fixed mode in mr_rosettal. áI am hoping that this will do what you want; if it does not let me know and I&#39;ll try to help!</div>

<div><br>
</div>
<div>All the best,</div>
<div>Tom T</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div style="font-size:16px;font-family:Times New Roman">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font face="Tahoma" color="#000000"><b>From:</b> <a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a> [<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a>] on behalf of Tobias Beck [<a href="mailto:tobiasbeck@gmail.com" target="_blank">tobiasbeck@gmail.com</a>]<br>

<b>Sent:</b> Thursday, February 28, 2013 4:20 AM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] mr_rosetta: two proteins, one chain placed, build second chain<br>
</font><br>
</div><div><div class="h5">
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>Dear phenixbb,<br>
<br>
</div>
I would like to use mr_rosetta to build a second protein chain. <br>
<br>
For the first protein, I have a search model with known structure. The search model can be placed with Phaser (TFZ 10). For the second protein, the structure of a homologue has been determined. The second protein accounts for about 2/3 of the residues in the
 ASU.<br>
<br>
</div>
I would like to fix the first protein chain and build the second protein chain with mr_rosetta. I have obtained fragment files for both proteins from robetta.
<br>
<br>
</div>
What input parameters are required to tell mr_rosetta to build the second chain only? I have tried the fixed_ensemble_ID_list = ensemble1 option.
<br>
<br>
</div>
<div>Here is an excerpt of my parameter file with the input files:<br>
<br>
</div>
<div>run a)<br>
</div>
<div><br>
search_models = &quot;path/chainA.pdb&quot; (from Phaser)<br>
</div>
<div>search_models = &quot;path/chainB.pdb&quot; (homologue structure)<br>
<br>
fixed_ensembles {<br>
ááááá fixed_ensembleID_list = ensemble1<br>
ááááá fixed_euler_list = 0.0 0.0 0.0<br>
ááááá fixed_frac_list = 0.0 0.0 0.0<br>
ááááá fixed_frac_list_is_fractional = True<br>
ááá }<br>
<br>
alignment_files = &quot;path/chainA.dat&quot;<br>
alignment_files = &quot;path/chainB.dat&quot;<br>
<br>
</div>
<div>with chainA.dat having twice the same sequence and chainB.dat with the target and template alignment.<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I have set fragment files with chain_list for both chains.<br>
<br>
</div>
<div>I get this error when running phenix.mr_rosetta (running from command line with .eff file)<br>
</div>
<div><br>
&quot;Sorry, the file /path/GROUP_OF_PLACE_MODEL_1/RUN_2/chainB_al_0.pdb representing group 0 has no atoms?
<br>
This could indicate a problem with sequence alignment in rebuilding.<br>
It could be that there are near-duplicate sequences in your sequence file<br>
...if this is the case then you may need to artificially rename your duplicated<br>
chains and renumber residues to make a single chain containing a duplication&quot;<br>
<br>
</div>
<div>This error also occurs<br>
á<br>
</div>
<div>run b) Without any alignment files<br>
</div>
<div>run c) Without any alignment files and with just chainA.pdb as search model.
<br>
</div>
<div><br>
</div>
An alignment of the sequences from chainA and chainB gives low identity (no duplicate regions), so I suspect the problem is located somewhere else?<br>
<br>
<div>I have seen a post by Tom Terwilliger, explaining how to deal with two identical chains with different conformations where no alignment files are required. However, I would like to use the information from the homologue structure, that is why I specified
 the alignment file.<br>
<br>
By inputting chainB.pdb as search model, mr_rosetta also tries to use this model as a search model for molecular replacement, but I think this is not necessary (and gives a warning that the space group of the search model and the data file do not match). I
 just want to provide the structural information from structure chainB.pdb to mr_rosetta for building.<br>
<br>
-----<br>
</div>
<div><br>
So in summary this is what I would like to do:<br>
<br>
</div>
<div>chain A: keep fixed -á use chainA.pdb as fixed model<br>
chain B: build - use information from homologue structure (chainB.pdb) and fragment files to build chain<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>What is the best strategy to do this? What input parameters are required so that I do not get the error described above?<br>
</div>
<br>
-----<br>
<br>
<div>Thanks a lot in advance,<br>
<br>
</div>
Tobias.<br>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Morten K Gr°ftehauge, PhDá<div>Pohl Group</div><div>Durham University</div>
</div>