<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">hi,<br>the work directory is here<br><br>http://musso.ucsc.edu/phenix/refine_andrei/<br><br>the last script i tried is here<br>http://musso.ucsc.edu/phenix/refine_andrei/refref.csh<br><br>the chain is empty for everything.<br>it is all identified by segid<br>should i assign chains to everything ?<br><br>thanks<br>jpd<br><br><br><br>--- On <b>Tue, 3/19/13, Jeff Headd <i>&lt;jjheadd@lbl.gov&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Jeff Headd &lt;jjheadd@lbl.gov&gt;<br>Subject: Re: [phenixbb] one or more errant TER cards<br>To: "PHENIX user mailing list" &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;<br>Date: Tuesday, March 19, 2013, 6:03 PM<br><br><div id="yiv1340996350"><div dir="ltr"><div style="">If you've removed all of the TER cards then that error shouldn't still be showing up. If
 it is, then that's a bug.</div><div><br></div>Do all of your chains have the same chain ID, but different segid's? That could be problem, though that should work.<div>

<br></div><div style="">Would you be willing to send me the input files (off list)? It will be easier to diagnose what is going on if I can have a look at exactly what is going on.</div><div style=""><br></div><div style="">Jeff</div>

</div><div class="yiv1340996350gmail_extra"><br><br><div class="yiv1340996350gmail_quote">On Tue, Mar 19, 2013 at 8:42 PM, jp d <span dir="ltr">&lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:yoyoq@yahoo.com" target="_blank" href="/mc/compose?to=yoyoq@yahoo.com">yoyoq@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="yiv1340996350gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

hi,<br>
i am trying to refine using a reference model<br>
and keep getting this error<br>
<br>
*** Adding Reference Model Restraints ***<br>
Sorry: chain ' ' in start.pdb contains one or more errant TER cards.<br>
Please remove and try again<br>
<br>
i've tried various things including removing all the TER lines<br>
my models (reference and working) has many chains identified by segid's<br>
any suggestions ?<br>
<br>
thanks<br>
jpd<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a rel="nofollow" ymailto="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br></div>
</div><br>-----Inline Attachment Follows-----<br><br><div class="plainMail">_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a ymailto="mailto:phenixbb@phenix-online.org" href="/mc/compose?to=phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></div></blockquote></td></tr></table>