<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">try reducing the sigma level of the density to fit to, try perhaps 2.5 sigma<div><br></div><div>Jürgen</div><div><br><div><div>On Mar 30, 2013, at 4:42 PM, &lt;<a href="mailto:bsubedi@btk.fi">bsubedi@btk.fi</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Dear Jurgen,<br><br>Its the second case (b). I selected the difference density as well. I tried<br>every option but the coot complains no ligand found and asks to adjust r.m.s.d.<br>Further, I have transfered rfree flag from the previous structure that has no<br>ligand bound. Could it be the reason? As stated earlier I can see the density<br>for the ligand. Also, I tried "Ligandfit" and "ligandidentifier" in PHENIX.<br>They too failed.<br><br>Best regards,<br><br>Bishwa<br><br><br> Quoting "Bosch, Juergen" &lt;<a href="mailto:jubosch@jhsph.edu">jubosch@jhsph.edu</a>&gt;:<br><br><blockquote type="cite">Just to clarify, with coot do not identify the ligand you mean<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">a) your ligand could not be read by coot<br></blockquote><blockquote type="cite">b) Coot did not place it anywhere ?<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">if a, then run phenix.elbow to fix your ligand<br></blockquote><blockquote type="cite">If b, then select to difference density map as the map where the ligand is<br></blockquote><blockquote type="cite">supposed to be found<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Hope that helps,<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Jürgen<br></blockquote><blockquote type="cite">......................<br></blockquote><blockquote type="cite">Jürgen Bosch<br></blockquote><blockquote type="cite">Johns Hopkins University<br></blockquote><blockquote type="cite">Bloomberg School of Public Health<br></blockquote><blockquote type="cite">Department of Biochemistry &amp; Molecular Biology<br></blockquote><blockquote type="cite">Johns Hopkins Malaria Research Institute<br></blockquote><blockquote type="cite">615 North Wolfe Street, W8708<br></blockquote><blockquote type="cite">Baltimore, MD 21205<br></blockquote><blockquote type="cite">Office: +1-410-614-4742<br></blockquote><blockquote type="cite">Lab: &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;+1-410-614-4894<br></blockquote><blockquote type="cite">Fax: &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;+1-410-955-2926<br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="http://lupo.jhsph.edu">http://lupo.jhsph.edu</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">On Mar 30, 2013, at 3:58 PM, &lt;<a href="mailto:bsubedi@btk.fi">bsubedi@btk.fi</a>&lt;<a href="mailto:bsubedi@btk.fi">mailto:bsubedi@btk.fi</a>&gt;&gt; wrote:<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Hi all,<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">I tried to fit the ligand using the coot -&gt; calculate-&gt; other modeling<br></blockquote><blockquote type="cite">tools-&gt;<br></blockquote><blockquote type="cite">Find ligands. I have imported cif to coot and also opened the pdb file of my<br></blockquote><blockquote type="cite">ligand. However, coot do not identify the ligand and asks to adjust r.m.s.d.<br></blockquote><blockquote type="cite">I<br></blockquote><blockquote type="cite">can see the density for my ligand. Could anyone suggest me what could be the<br></blockquote><blockquote type="cite">problem or if I am missing anything here.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Best regards.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Bishwa<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">_______________________________________________<br></blockquote><blockquote type="cite">phenixbb mailing list<br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>&lt;<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">mailto:phenixbb@phenix-online.org</a>&gt;<br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">......................<br></blockquote><blockquote type="cite">Jürgen Bosch<br></blockquote><blockquote type="cite">Johns Hopkins University<br></blockquote><blockquote type="cite">Bloomberg School of Public Health<br></blockquote><blockquote type="cite">Department of Biochemistry &amp; Molecular Biology<br></blockquote><blockquote type="cite">Johns Hopkins Malaria Research Institute<br></blockquote><blockquote type="cite">615 North Wolfe Street, W8708<br></blockquote><blockquote type="cite">Baltimore, MD 21205<br></blockquote><blockquote type="cite">Office: +1-410-614-4742<br></blockquote><blockquote type="cite">Lab: &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;+1-410-614-4894<br></blockquote><blockquote type="cite">Fax: &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;+1-410-955-2926<br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="http://lupo.jhsph.edu">http://lupo.jhsph.edu</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><br><br><br><br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></div></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Palatino; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Palatino; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">......................<br>Jürgen Bosch<br>Johns Hopkins University<br>Bloomberg School of Public Health<br>Department of Biochemistry &amp; Molecular Biology<br>Johns Hopkins Malaria Research Institute<br>615 North Wolfe Street, W8708<br>Baltimore, MD 21205<br>Office: +1-410-614-4742<br>Lab: &nbsp; &nbsp; &nbsp;+1-410-614-4894<br>Fax: &nbsp; &nbsp; &nbsp;+1-410-955-2926<br><a href="http://lupo.jhsph.edu">http://lupo.jhsph.edu</a></div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><br><br></div></span></span>
</div>
<br></div></body></html>