Konrad<div><br></div><div>The DCT entry in the phenix copy monomer library is from an earlier version of the monomer library. The newer version of monomer library is likely better but it&#39;s not immediately clear that the older version is wrong. Can you send my the .geo file off-list?</div>

<div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Nigel<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 2, 2013 at 9:21 AM, Konrad Bergen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Konrad.Bergen@uni-konstanz.de" target="_blank">Konrad.Bergen@uni-konstanz.de</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello phenixbb,<br>
<br>
i was recently refining a DCT and was a bit puzzled �when i got outliers in torsion angles (readout from the final .geo file). The DCT was built in coot (using the ccp4 monomer library) and seems to fit these restraints. A closer look gave me a discrepancy in the torsion angles between the ccp4 (ver 6.3.0) and the corresponding phenix (dev1325) file<br>


<br>
/usr/local/ccp4-6.3.0/ccp4-6.3.0/lib/data/monomers/d/DCT.cif<br>
<br>
_chem_comp_tor.comp_id<br>
_<a href="http://chem_comp_tor.id" target="_blank">chem_comp_tor.id</a><br>
_chem_comp_tor.atom_id_1<br>
_chem_comp_tor.atom_id_2<br>
_chem_comp_tor.atom_id_3<br>
_chem_comp_tor.atom_id_4<br>
_chem_comp_tor.value_angle<br>
_chem_comp_tor.value_angle_esd<br>
_chem_comp_tor.period<br>
�DCT � � �var_1 � �O3G � �PG � � O3B � �PB � � � -60.011 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_2 � �PG � � O3B � �PB � � O3A � � -179.960 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_3 � �O3B � �PB � � O3A � �PA � � �-179.992 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_4 � �PB � � O3A � �PA � � &quot;O5&#39;&quot; � �179.964 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_5 � �O3A � �PA � � &quot;O5&#39;&quot; �&quot;C5&#39;&quot; � �179.986 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_6 � �PA � � &quot;O5&#39;&quot; �&quot;C5&#39;&quot; �&quot;C4&#39;&quot; � -179.998 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_7 � �&quot;O5&#39;&quot; �&quot;C5&#39;&quot; �&quot;C4&#39;&quot; �&quot;O4&#39;&quot; � � 65.696 � 20.000 � 3<br>
�DCT � � �var_8 � �&quot;C5&#39;&quot; �&quot;C4&#39;&quot; �&quot;C3&#39;&quot; �&quot;C2&#39;&quot; � -150.000 � 20.000 � 3<br>
�DCT � � �var_9 � �&quot;C4&#39;&quot; �&quot;C3&#39;&quot; �&quot;C2&#39;&quot; �&quot;C1&#39;&quot; � � 30.000 � 20.000 � 3<br>
�DCT � � �var_10 � &quot;C5&#39;&quot; �&quot;C4&#39;&quot; �&quot;O4&#39;&quot; �&quot;C1&#39;&quot; � �150.000 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_11 � &quot;C4&#39;&quot; �&quot;O4&#39;&quot; �&quot;C1&#39;&quot; �N1 � � �-150.000 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_12 � &quot;O4&#39;&quot; �&quot;C1&#39;&quot; �&quot;C2&#39;&quot; �&quot;C3&#39;&quot; � � �0.000 � 20.000 � 3<br>
�DCT � � �var_13 � &quot;O4&#39;&quot; �&quot;C1&#39;&quot; �N1 � � C6 � � �-121.764 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �CONST_1 �&quot;C1&#39;&quot; �N1 � � C2 � � N3 � � � 180.000 � �0.000 � 0<br>
�DCT � � �CONST_2 �&quot;C1&#39;&quot; �N1 � � C6 � � C5 � � � 180.000 � �0.000 � 0<br>
�DCT � � �CONST_3 �N1 � � C6 � � C5 � � C4 � � � � 0.000 � �0.000 � 0<br>
�DCT � � �CONST_4 �C6 � � C5 � � C4 � � N3 � � � � 0.000 � �0.000 � 0<br>
�DCT � � �CONST_5 �C5 � � C4 � � N4 � � HN41 � � 179.773 � �0.000 � 0<br>
�DCT � � �CONST_6 �C5 � � C4 � � N3 � � C2 � � � � 0.000 � �0.000 � 0<br>
�DCT � � �CONST_7 �C4 � � N3 � � C2 � � O2 � � � 180.000 � �0.000 � 0<br>
<br>
<br>
/usr/local/phenix.test/latest/chem_data/mon_lib/d/DCT.cif<br>
<br>
_chem_comp_tor.comp_id<br>
_<a href="http://chem_comp_tor.id" target="_blank">chem_comp_tor.id</a><br>
_chem_comp_tor.atom_id_1<br>
_chem_comp_tor.atom_id_2<br>
_chem_comp_tor.atom_id_3<br>
_chem_comp_tor.atom_id_4<br>
_chem_comp_tor.value_angle<br>
_chem_comp_tor.value_angle_esd<br>
_chem_comp_tor.period<br>
�DCT � � �var_3 � �O1G � �PG � � O3B � �PB � � � � 2.570 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_4 � �PG � � O3B � �PB � � O3A � � � 83.412 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_6 � �O3B � �PB � � O3A � �PA � � �-132.456 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_7 � �PB � � O3A � �PA � � O5* � � �-51.566 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_9 � �O3A � �PA � � O5* � �C5* � � -166.199 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_10 � PA � � O5* � �C5* � �C4* � � �135.553 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_11 � O5* � �C5* � �C4* � �C3* � � � 12.096 � 20.000 � 3<br>
�DCT � � �var_12 � C5* � �C4* � �O4* � �C1* � � �143.686 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_13 � C5* � �C4* � �C3* � �C2* � � -117.819 � 20.000 � 3<br>
�DCT � � �var_14 � C4* � �C3* � �C2* � �C1* � � �-21.471 � 20.000 � 3<br>
�DCT � � �var_15 � C3* � �C2* � �C1* � �N1 � � � 150.776 � 20.000 � 3<br>
�DCT � � �var_16 � C3* � �C2* � �C1* � �O4* � � � 32.781 � 20.000 � 3<br>
�DCT � � �var_17 � C2* � �C1* � �N1 � � C2 � � � 121.270 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �var_18 � C2* � �C1* � �N1 � � C6 � � � -65.572 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �CONST_1 �C1* � �N1 � � C2 � � N3 � � � 180.000 � �0.000 � 0<br>
�DCT � � �CONST_2 �N1 � � C2 � � N3 � � C4 � � � � 0.000 � �0.000 � 0<br>
�DCT � � �CONST_3 �C2 � � N3 � � C4 � � C5 � � � � 0.000 � �0.000 � 0<br>
�DCT � � �var_19 � N3 � � C4 � � N4 � � HN41 � � � 0.000 � 20.000 � 1<br>
�DCT � � �CONST_4 �N3 � � C4 � � C5 � � C6 � � � � 0.000 � �0.000 � 0<br>
�DCT � � �CONST_5 �C4 � � C5 � � C6 � � N1 � � � � 0.000 � �0.000 � 0<br>
<br>
I am just wondering which values/library to use or if i got something completely wrong.<br>
Best regards<br>
Konrad<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709� �� Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax�� : 510-486-5909� � �� Web� : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div>