<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
On the refinement of Se, I would suggest Nat's option 1 (refine Se occupancies) is probably a good approach, depending on exactly what is happening. &nbsp;
<div><br>
</div>
<div>I would avoid refining f' and f&quot; in this case unless you have some reason to believe that the occupancy really is 1 and the f' and f&quot; are not right. It is true as Nat mentions that f' and occupancy are correlated (the effective real scattering is the occupancy
 times the number of electrons minus f'), and you could get the same calculated Fc either way. However it is probably best to model the situation in a way that is close to physical reality as possible, so that the parameters you get are the most reasonable
 description of what is going on.</div>
<div><br>
</div>
<div>All the best,</div>
<div>Tom T</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><br>
<div>
<div>On Apr 4, 2013, at 12:39 PM, Nathaniel Echols wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">On Thu, Apr 4, 2013 at 11:22 AM, Georg Mlynek <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:georg.mlynek@univie.ac.at" target="_blank">georg.mlynek@univie.ac.at</a>&gt;</span> wrote:<br>
<div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
1a. Providing the XDS_ASCII.HKL to phenix tableI works perfect, however there are no values written for CC1/2. The same file in phenix.merging_statistics I get the CC1/2. Am I missing something?<br>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div style="">No, I am. &nbsp;Sorry, will fix this ASAP.</div>
<div><br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
1b. The only value phenix tablel one takes from INTEGRATE.LP (i guess &nbsp;CORRECT.LP will work too) is the wavelength - true?<br>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div style="">I'm not sure which specific files from XDS will actually work, but in general, yes, the wavelength is the only thing I extract from the integration log file. &nbsp;(Unfortunately this is the one parameter on which we really depend on logfiles, since
 the wavelength is - inexplicably - not reliably propagated in reflection files.)</div>
<div><br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
2. I see some negative density around the seleniums in my selenomethionine labeled protein. I guess this is due to radiation damage. Is the accepted standard to do occupancy refinement for just the sidechain, or just parts of the sidechain, the whole residue
 &nbsp;or just leave it like it is.<br>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div style="">This seems like a matter of personal preference, but I would definitely *not* refine the occupancy of the entire sidechain unless I was modeling it as a mix of MET and MSE to reflect partial incorporation. &nbsp;So there are several options:</div>
<div style=""><br>
</div>
<div>1) refine the occupancies for SE atoms alone</div>
<div>2) leave them alone<br>
</div>
<div style="">3) refine alternate conformations</div>
<div style=""><br>
</div>
<div style="">I prefer (1), but it's difficult to know exactly what the difference map holes mean; they could simply be Fourier artifacts.</div>
<div style=""><br>
</div>
<div style="">A less conventional option is to&nbsp;refine f' and f'' for the SE atoms, but leave the occupancies at 1. &nbsp;I'm still a little confused about how f' and occupancy are correlated*, but in my experience the anomalous refinement soaks up most if not all
 of the difference in occupancy. &nbsp;The problem right now is that you can't deposit these parameters in the PDB, but hopefully that will change soon.</div>
<div style=""><br>
</div>
<div style="">-Nat</div>
<div style=""><br>
</div>
<div style="">(* A follow-up question for more knowledgable folks: could the large dispersive difference at the K edge be reflected as apparent partial occupancy, or am I misunderstanding the effect on scattering?)</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</body>
</html>