<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Stephen,<br>
      <br>
      please use recent Phenix version and the problem will go away:<br>
      <br>
      <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi">http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi</a><br>
      <br>
      Pavel<br>
      <br>
      On 4/5/13 7:44 AM, Stephen Weeks wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAGoC5BAEOTs3XKC-+R-j9WoffGsk7TuhZ3r9PAuZshfPU6-LCg@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Dear phenixBBers
        <div><br>
          <div style="">&nbsp; &nbsp; &nbsp;I have a curious case of refinement of a
            2.6 Angs structure, where some of the atoms have a
            calculated b-factor of 0.00. &nbsp;It seems to be somewhat random
            where this occurs and includes atoms within the backbone
            e.g. the nitrogen in the following residue:</div>
          <div style=""><br>
          </div>
          <div style="">
            <div>ATOM &nbsp; 2014 &nbsp;N &nbsp; THR A 264 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-2.685 &nbsp;42.357 -35.833
              &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N</div>
            <div>ATOM &nbsp; 2015 &nbsp;CA &nbsp;THR A 264 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-3.952 &nbsp;41.776 -35.425
              &nbsp;1.00 &nbsp;1.50 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div>
            <div>ATOM &nbsp; 2016 &nbsp;CB &nbsp;THR A 264 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-4.684 &nbsp;41.052 -36.593
              &nbsp;1.00 &nbsp;1.70 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div>
            <div>ATOM &nbsp; 2017 &nbsp;OG1 THR A 264 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-4.077 &nbsp;39.772 -36.846
              &nbsp;1.00 &nbsp;2.24 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O</div>
            <div>ATOM &nbsp; 2018 &nbsp;CG2 THR A 264 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-4.669 &nbsp;41.867 -37.855
              &nbsp;1.00 &nbsp;1.72 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div>
            <div>ATOM &nbsp; 2019 &nbsp;C &nbsp; THR A 264 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-3.687 &nbsp;40.729 -34.368
              &nbsp;1.00 &nbsp;2.42 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div>
            <div>ATOM &nbsp; 2020 &nbsp;O &nbsp; THR A 264 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-2.571 &nbsp;40.210 -34.263
              &nbsp;1.00 &nbsp;2.63 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O</div>
            <div><br>
            </div>
            <div style="">The structure contains 4 NCS related monomers
              but with a quick glance I don't see any obvious
              correlation between each one as to which atoms are &nbsp;0.00.
              I did use phenix.pdbtools to randomise the B-factors (no
              atoms had a value 0.00 afterwards) but &nbsp;upon repeating
              &nbsp;the refinement the same problem occurs.</div>
            <div style=""><br>
            </div>
            <div style="">Does anyone have a suggestion how to fix this
              ?</div>
            <div style=""><br>
            </div>
            <div style="">Cheers</div>
            <div style=""><br>
            </div>
            <div style="">Stephen &nbsp;</div>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>