<div dir="ltr">Your understanding is correct.</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 19, 2013 at 4:22 PM, Edward A. Berry <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:BerryE@upstate.edu" target="_blank">BerryE@upstate.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I see. So if distance_ideal is 3.0 and slack is 0.3, then anywhere<br>
between 2.7 and 3.3 will be equal in energy as far as the restraints go?<br>
I can see that would better than setting a huge sigma.<br>
Thanks,<br>
Ed<br>
<br>
<br>
Nigel Moriarty wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Ed<br>
<br>
You can use an edits. You can use the slack option to create a flat bottomed well which will allow the bond to be any<br>
value of distance_ideal plus/minus slack. The sigma curve starts at the border of the slack region.<br>
<br>
I have given the example from the on-line docs below.<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Nigel<br>
<br>
<br>
refinement.geometry_<u></u>restraints.edits {<br>
� �zn_selection = chain X and resname ZN and resid 200 and name ZN<br>
� �his117_selection = chain X and resname HIS and resid 117 and name NE2<br>
� �asp130_selection = chain X and resname ASP and resid 130 and name OD1<br>
� �bond {<br>
� � �action = *add<br>
� � �atom_selection_1 = $zn_selection<br>
� � �atom_selection_2 = $his117_selection<br>
� � �symmetry_operation = None<br>
� � �distance_ideal = 2.1<br>
� � �sigma = 0.02<br>
� � �slack = None<br>
� �}<br>
<br>
<br>
<br></div><div class="im">
On Fri, Apr 19, 2013 at 1:08 PM, Edward A. Berry &lt;<a href="mailto:BerryE@upstate.edu" target="_blank">BerryE@upstate.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:BerryE@upstate.edu" target="_blank">BerryE@upstate.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>


<br>
� � I have a phenix-specific question and a general chemistry question.<br>
� � In a ligand-bound structure, S in an aromatic ring (substituted thiophene)<br>
� � may be H-bonding NH1 of arginine guanidino group.<br>
� � The general question is whether thiophene S can act as H-bond acceptor<br>
� � (assuming one lone pair is in the aromatic pi system for a total of 6 e,<br>
� � the other lone pair is available as H-bond acceptor?).<br>
<br>
� � The phenix-specific question involves whether non-bonded interactions<br>
� � will push the atoms apart during refinement, and how to turn off the<br>
� � nonbonded interaction between these two atoms to allow the xray data<br>
� � to determine the position.<br>
� � Under geometry_restraints.edits I define a bond, but give a very<br>
� � large sigma of 1A.<br>
� � Will this effectively remove non-bonded interactions between these<br>
� � two atoms?<br></div>
� � ______________________________<u></u>___________________<br>
� � phenixbb mailing list<br>
� � <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-<u></u>online.org</a>&gt;<br>
� � <a href="http://phenix-online.org/__mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/__<u></u>mailman/listinfo/phenixbb</a> &lt;<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/<u></u>mailman/listinfo/phenixbb</a>&gt;<div class="im">

<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Nigel W. Moriarty<br>
Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>
Lawrence Berkeley National Laboratory<br>
Berkeley, CA 94720-8235<br>
Phone : <a href="tel:510-486-5709" value="+15104865709" target="_blank">510-486-5709</a> � � Email : NWMoriarty@LBL.gov<br></div>
Fax � : <a href="tel:510-486-5909" value="+15104865909" target="_blank">510-486-5909</a> � � � Web �: <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a> &lt;<a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">http://CCI.LBL.gov</a>&gt;<div class="im">

<br>
<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/<u></u>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div></blockquote><div class="HOEnZb"><div class="h5">
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/<u></u>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709� �� Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax�� : 510-486-5909� � �� Web� : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div>