Hello<br><br><pre>I have an Arg with flexible side chain, close to an iodide ion. Every time<br>I refine it, the side chain of Arg will push the iodide ion away, even I selected<br>the Arg not to be refined:<br><br>  refine {<br>    strategy = *individual_sites individual_sites_real_space rigid_body \<br>               *individual_adp group_adp  tls  *occupancies group_anomalous<br>     sites {<br>           individual = "not (chain A and resid 40)"<br>           }<br>         }<br><br><br>The residue 40 in Chain A is that Arg close to the Iodide. Is this selection correct?<br>How to fix the side chain of Arg in refinement?<br><br>I attached two pictures, one before and one after refinement, the local area of the Arg<br>and the iodide. The iodide is bound to an Asn residue of one symmetric molecule. <br><br>Thank you<br>Rongjin Guan</pre><br>