Hi Nat, <br><br>You are right. By turning off the "fix rotamers" the Arg does not move any more.<br><br>Best<br><br>Rongjin <br><div><div><br></div><div><br></div><div style="font-size: 12px;font-family: Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0;">------------------&nbsp;Original&nbsp;------------------</div><div style="font-size: 12px;background:#efefef;padding:8px;"><div><b>From: </b>&nbsp;"Nathaniel Echols"&lt;nechols@lbl.gov&gt;;</div><div><b>Date: </b>&nbsp;Apr 20, 2013</div><div><b>To: </b>&nbsp;"PHENIX user mailing list"&lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;; <wbr></div><div></div><div><b>Subject: </b>&nbsp;Re: [phenixbb] how to fix a side chain not to be refined?</div></div><div><br></div>On Fri, Apr 19, 2013 at 2:14 PM, Rongjin &lt;guanrj@foxmail.com&gt; wrote:<br>&gt; I have an Arg with flexible side chain, close to an iodide ion. Every time<br>&gt; I refine it, the side chain of Arg will push the iodide ion away, even I<br>&gt; selected<br><br>The syntax below looks correct to me, although you should probably do<br>the same thing for the ADP selection, but it's a little disturbing<br>that it's doing this.&nbsp; Do you have rotamer correction turned on?&nbsp; That<br>may be the problem, if it is trying to fit to the difference density<br>(I don't think it's very aware of nearby atoms).<br><br>-Nat<br><br>&gt; the Arg not to be refined:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp; refine {<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; strategy = *individual_sites individual_sites_real_space rigid_body \<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *individual_adp group_adp&nbsp; tls&nbsp; *occupancies group_anomalous<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sites {<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; individual = "not (chain A and resid 40)"<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; The residue 40 in Chain A is that Arg close to the Iodide. Is this selection<br>&gt; correct?<br>&gt; How to fix the side chain of Arg in refinement?<br>&gt;<br>&gt; I attached two pictures, one before and one after refinement, the local area<br>&gt; of the Arg<br>&gt; and the iodide. The iodide is bound to an Asn residue of one symmetric<br>&gt; molecule.<br>&gt;<br>&gt; Thank you<br>&gt; Rongjin Guan<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; phenixbb mailing list<br>&gt; phenixbb@phenix-online.org<br>&gt; http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br>&gt;<br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br>phenixbb@phenix-online.org<br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br>.<br></div>