<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content=text/html;charset=gb2312>
<META content="MSHTML 6.00.2900.2838" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY id=MailContainerBody 
style="PADDING-RIGHT: 10px; PADDING-LEFT: 10px; PADDING-TOP: 15px" leftMargin=0 
topMargin=0 CanvasTabStop="true" name="Compose message area">
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hello,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I am refining my structure with hydrogen atoms on 
(phenix 1.8.2-1309). The protein contains two Asn-linked GlcNAc. I noticed two 
problems with respect to the NAG-Asn linkage in the presence of hydrogen 
atoms:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>1) After running ReadySet (to add hydrogen to the 
PDB <EM>ab initio</EM>), the H1 on the NAG is pointing to the amino group of 
Asn, ie, the NAG seems to be interpreted&nbsp;as in&nbsp;its alpha anomer 
instead of beta (should be GlcNAc beta1,N-Asn).&nbsp;This is not really a 
problem as it doesn't seem to affect the refinement.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>2) The H21 in Asn is correctly removed&nbsp;by 
ReadySet, leaving only H22. However, if I send this PDB to phenix.refine, the 
refinement will fail almost instantly complaining that H22 of the Asn has an 
unknown nonbonded energy type symbol. But if I simply change the atom name of 
H22 to H21, the refinement will&nbsp;proceed to completion with no problem, only 
leaving an H21&nbsp;at the position where H22 should be.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I&nbsp;was not sure what caused this error. So I 
trimmed my PDBs down to the Asn and NAG only, and fed the small PDB to ReadySet 
and phenix.refine (with an eff file indicating the NAG-Asn linkage) and got the 
same behavior: H22 on Asn - error; H21 on Asn -&nbsp;OK. </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I hope someone can look into this. Thanks in 
advance.</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Zhijie</FONT></DIV></BODY></HTML>