<div dir="ltr">Zhijie<div><br></div><div style>I have fixed both these bugs and you should be able to download the next nightly build to run ReadySet! on your file. In the meantime, I&#39;m happy to run ReadySet! on your model. Make sure you send it off list.</div>

<div style><br></div><div style>Nigel</div><div style><br></div><div style>NB. Any files sent to me will be held in strictest confidence.<br><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 29, 2013 at 4:42 PM, Zhijie Li <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:zhijie.li@utoronto.ca" target="_blank">zhijie.li@utoronto.ca</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><u></u>



<div style="PADDING-RIGHT:10px;PADDING-LEFT:10px;PADDING-TOP:15px" name="Compose message area">
<div><font face="Arial">Hi Nigel,</font></div>
<div><font face="Arial"></font>�</div>
<div><font face="Arial">Please find the two attached PDB files. One is 
before ReadySet, the other after.</font></div>
<div><font face="Arial"></font>�</div>
<div><font face="Arial">Zhijie</font></div>
<div style="FONT:10pt Tahoma">
<div><br></div>
<div style="BACKGROUND:#f5f5f5">
<div><b>From:</b> <a title="nwmoriarty@lbl.gov" href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov" target="_blank">Nigel Moriarty</a> </div>
<div><b>Sent:</b> Monday, April 29, 2013 7:36 PM</div>
<div><b>To:</b> <a title="phenixbb@phenix-online.org" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">PHENIX user mailing list</a> </div>
<div><b>Subject:</b> Re: [phenixbb] ReadySet &amp; phenix.refine problem: 
NAG-Asn with hydrogen atoms</div></div></div><div><div class="h5">
<div><br></div>
<div dir="ltr">Can you send me the ASN-NAG PDB file?</div>
<div class="gmail_extra"><br><br>
<div class="gmail_quote">On Mon, Apr 29, 2013 at 4:01 PM, Zhijie Li <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:zhijie.li@utoronto.ca" target="_blank">zhijie.li@utoronto.ca</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT:1ex;MARGIN:0px 0px 0px 0.8ex;BORDER-LEFT:#ccc 1px solid"><u></u>
  <div style="PADDING-RIGHT:10px;PADDING-LEFT:10px;PADDING-TOP:15px" name="Compose message area">
  <div><font face="Arial">Hello,</font></div>
  <div><font face="Arial"></font>�</div>
  <div><font face="Arial">I am refining my structure with hydrogen atoms on 
  (phenix 1.8.2-1309). The protein contains two Asn-linked GlcNAc. I noticed two 
  problems with respect to the NAG-Asn linkage in the presence of hydrogen 
  atoms:</font></div>
  <div><font face="Arial"></font>�</div>
  <div><font face="Arial">1) After running ReadySet (to add hydrogen to the PDB 
  <em>ab initio</em>), the H1 on the NAG is pointing to the amino group of Asn, 
  ie, the NAG seems to be interpreted�as in�its alpha anomer instead 
  of beta (should be GlcNAc beta1,N-Asn).�This is not really a problem as 
  it doesn&#39;t seem to affect the refinement.</font></div>
  <div><font face="Arial"></font><font face="Arial"></font>�</div>
  <div><font face="Arial">2) The H21 in Asn is correctly removed�by ReadySet, 
  leaving only H22. However, if I send this PDB to phenix.refine, the refinement 
  will fail almost instantly complaining that H22 of the Asn has an unknown 
  nonbonded energy type symbol. But if I simply change the atom name of H22 to 
  H21, the refinement will�proceed to completion with no problem, only 
  leaving an H21�at the position where H22 should be.</font></div>
  <div><font face="Arial"></font><font face="Arial"></font>�</div>
  <div><font face="Arial">I�was not sure what caused this error. So I trimmed 
  my PDBs down to the Asn and NAG only, and fed the small PDB to ReadySet and 
  phenix.refine (with an eff file indicating the NAG-Asn linkage) and got the 
  same behavior: H22 on Asn - error; H21 on Asn -�OK. </font></div>
  <div><font face="Arial"></font>�</div>
  <div><font face="Arial">
  <div><font face="Arial">I hope someone can look into this. Thanks in 
  advance.</font></div><span><font color="#888888">
  <div>�</div></font></span></font></div><span><font color="#888888">
  <div><font face="Arial">Zhijie</font></div></font></span></div><br>_______________________________________________<br>phenixbb 
  mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>

<br></blockquote></div><br><br clear="all">
<div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical 
Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 
94720-8235<br>Phone : <a href="tel:510-486-5709" value="+15104865709" target="_blank">510-486-5709</a>� �� Email : 
NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax�� : <a href="tel:510-486-5909" value="+15104865909" target="_blank">510-486-5909</a>� � �� 
Web� : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a> </div>
</div></div><p>
</p><hr><div class="im">

<p></p>_______________________________________________<br>phenixbb mailing 
list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>

</div><p></p></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709� �� Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax�� : 510-486-5909� � �� Web� : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div>