<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Juanxun</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Sorry for the slow response but you don&#39;t need to use the apply_cif_link because the links are automatically applied in phenix.refine.</div>

<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra" style>You can check this using the .geo file thus</div><div class="gmail_extra" style><br></div><div class="gmail_extra" style><div class="gmail_extra">elbow.refine_geo_display PHE-SEP-ARG_minimized.geo SEP !</div>

<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra" style>The output (see below) shows the restraints between SEP and anything else. The first RMS section is the entire model, the second is for the selection.</div>

<div class="gmail_extra" style><br></div><div class="gmail_extra" style>In the latest nightly builds, there is also a graphical representation available via REEL.</div><div class="gmail_extra" style><br></div><div class="gmail_extra" style>

phenix.reel PHE-SEP-ARG_minimized.pdb PHE-SEP-ARG_minimized.geo</div><div class="gmail_extra" style><br></div><div class="gmail_extra" style>Cheers</div><div class="gmail_extra" style><br></div><div class="gmail_extra" style>

Nigel</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">RMS results for model</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">RMS(D/Z)</div><div class="gmail_extra">             d-all          d-none         d-alt          z-all          z-none         z-alt          </div>

<div class="gmail_extra">  bond       0.001(   32)   0.001(   32)   0.000(    0)   0.024(   32)   0.024(   32)   0.000(    0)</div><div class="gmail_extra">  angle      0.216(   42)   0.216(   42)   0.000(    0)   0.080(   42)   0.080(   42)   0.000(    0)</div>

<div class="gmail_extra">----- bonds ----- bonds ----- bonds ----- bonds ----- bonds ----- bonds </div><div class="gmail_extra">   1 &quot; C   PHE C   3 &quot; - &quot; N   SEP C   4 &quot; [&#39;1.329&#39;, &#39;1.329&#39;, &#39;-0.000&#39;, &#39;1.40e-02&#39;, &#39;5.10e+03&#39;, &#39;3.76e-04&#39;]</div>

<div class="gmail_extra">   2 &quot; C   SEP C   4 &quot; - &quot; N   ARG C   5 &quot; [&#39;1.329&#39;, &#39;1.329&#39;, &#39;-0.000&#39;, &#39;1.40e-02&#39;, &#39;5.10e+03&#39;, &#39;5.93e-05&#39;]</div><div class="gmail_extra">

---- angles ---- angles ---- angles ---- angles ---- angles ---- angles </div><div class="gmail_extra">   1 &quot; C   PHE C   3 &quot; - &quot; N   SEP C   4 &quot; - &quot; CA  SEP C   4 &quot; [&#39;121.70&#39;, &#39;121.80&#39;, &#39;-0.10&#39;, &#39;1.80e+00&#39;, &#39;3.09e-01&#39;, &#39;3.34e-03&#39;]</div>

<div class="gmail_extra">   2 &quot; CA  PHE C   3 &quot; - &quot; C   PHE C   3 &quot; - &quot; N   SEP C   4 &quot; [&#39;116.20&#39;, &#39;116.25&#39;, &#39;-0.05&#39;, &#39;2.00e+00&#39;, &#39;2.50e-01&#39;, &#39;6.82e-04&#39;]</div>

<div class="gmail_extra">   3 &quot; C   SEP C   4 &quot; - &quot; N   ARG C   5 &quot; - &quot; CA  ARG C   5 &quot; [&#39;121.70&#39;, &#39;121.73&#39;, &#39;-0.03&#39;, &#39;1.80e+00&#39;, &#39;3.09e-01&#39;, &#39;2.87e-04&#39;]</div>

<div class="gmail_extra">   4 &quot; CA  SEP C   4 &quot; - &quot; C   SEP C   4 &quot; - &quot; N   ARG C   5 &quot; [&#39;116.20&#39;, &#39;116.23&#39;, &#39;-0.03&#39;, &#39;2.00e+00&#39;, &#39;2.50e-01&#39;, &#39;2.85e-04&#39;]</div>

<div class="gmail_extra">   5 &quot; O   PHE C   3 &quot; - &quot; C   PHE C   3 &quot; - &quot; N   SEP C   4 &quot; [&#39;123.00&#39;, &#39;123.01&#39;, &#39;-0.01&#39;, &#39;1.60e+00&#39;, &#39;3.91e-01&#39;, &#39;1.81e-05&#39;]</div>

<div class="gmail_extra">   6 &quot; O   SEP C   4 &quot; - &quot; C   SEP C   4 &quot; - &quot; N   ARG C   5 &quot; [&#39;123.00&#39;, &#39;123.00&#39;, &#39;0.00&#39;, &#39;1.60e+00&#39;, &#39;3.91e-01&#39;, &#39;5.79e-07&#39;]</div>

<div class="gmail_extra">---- dihedrals ---- dihedrals ---- dihedrals ---- dihedrals ---- dihedrals ---- dihedrals </div><div class="gmail_extra">   1 &quot; CA  PHE C   3 &quot; - &quot; C   PHE C   3 &quot; - &quot; N   SEP C   4 &quot; - &quot; CA  SEP C   4 &quot; [&#39;180.00&#39;, &#39;-179.13&#39;, &#39;-0.87&#39;, &#39;0&#39;, &#39;5.00e+00&#39;, &#39;4.00e-02&#39;, &#39;3.05e-02&#39;]</div>

<div class="gmail_extra">   2 &quot; CA  SEP C   4 &quot; - &quot; C   SEP C   4 &quot; - &quot; N   ARG C   5 &quot; - &quot; CA  ARG C   5 &quot; [&#39;180.00&#39;, &#39;-179.41&#39;, &#39;-0.59&#39;, &#39;0&#39;, &#39;5.00e+00&#39;, &#39;4.00e-02&#39;, &#39;1.38e-02&#39;]</div>

<div class="gmail_extra">---- chirals ---- chirals ---- chirals ---- chirals ---- chirals ---- chirals </div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">RMS results for selection</div><div class="gmail_extra">

<br></div><div class="gmail_extra">RMS(D/Z)</div><div class="gmail_extra">             d-all          d-none         d-alt          z-all          z-none         z-alt          </div><div class="gmail_extra">  bond       0.000(    2)   0.000(    2)   0.000(    0)   0.000(    2)   0.000(    2)   0.000(    0)</div>

<div class="gmail_extra">  angle      0.054(    6)   0.054(    6)   0.000(    0)   0.029(    6)   0.029(    6)   0.000(    0)</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br></div></div><div class="gmail_extra">

<br></div><div class="gmail_extra">Nigel</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 21, 2013 at 10:51 PM, Jianxun Qi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jxqi@im.ac.cn" target="_blank">jxqi@im.ac.cn</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div>refinement.pdb_interpretation {<br>  apply_cif_link 
{<br>    data_link = &quot;SEPC-N&quot;<br>    
residue_selection_1 = &quot;chain C and resname PHE and resid 
3&quot;<br>    residue_selection_2 = &quot;chain C and resname SEP and 
resid 4&quot;<br>  }<br>  apply_cif_link {<br>    data_link 
= &quot;SEPC-N&quot;<br>    residue_selection_1 = &quot;chain C and resname SEP 
and resid 4&quot;<br>    residue_selection_2 = &quot;chain C and resname 
ARG and resid 5&quot;<br>  }<br>}</div></blockquote></div><br><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>

Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div></div>