<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Derek,<br>
      <br>
      did you really collected anomalous neutron data? I doubt. Then how
      you ended up having anomalous data set for your neutron
      observations: FO,SIGFO,DANO,SIGDANO,ISYM ?<br>
      <br>
      By default phenix.refine will always take anomalous data set if
      there is a choice anomalous versus non-anomalous. This is because
      anomalous data is a) richer source of information, and b) less
      manipulated compared to non-anomalous Fmean=(F+ + F-)/2 or
      Imean=(I+ + I-)/2.<br>
      <br>
      In refinement Bijvoet mates F+ and F- are counted as two
      reflections, not one. So don't get surprised to see "doubled"
      number of reflections. It's not really doubled, it's what you
      actually have.<br>
      <br>
      All in all, if you don't have anomalous data make sure your inputs
      files do not have spurious (anomalous) arrays: phenix.refine can't
      read your mind to see what you have done in your diffraction
      experiment - it's beyond the scope of what it's supposed to do!<br>
      <br>
      All the best,<br>
      Pavel<br>
      <br>
      On 5/29/13 4:18 AM, Derek Logan wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:2B765EE6-BE04-40E1-8427-08632A047675@biochemistry.lu.se"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <div>
        <div>Hi,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I'm doing a joint X-ray neutron refinement in Phenix and
          have run into some behaviour that puzzles me. I had not been
          paying any attention to the use or non-use of anomalous signal
          in the neutron dataset, as&nbsp;</div>
        <div style="font-family: Courier; "><br>
        </div>
        <div>This is what I get if I let phenix.refine itself decide
          whether or not to use anomalous data:</div>
        <div style="font-family: Courier; "><br>
        </div>
        <div style="font-family: Courier; ">=================================
          Neutron data ================================</div>
        <div style="font-family: Courier; "><br>
        </div>
        <div style="font-family: Courier; ">F-obs:</div>
        <div style="font-family: Courier; ">&nbsp;
          neutron.mtz:FO,SIGFO,DANO,SIGDANO,ISYM</div>
        <div style="font-family: Courier; "><br>
        </div>
        <div style="font-family: Courier; ">Miller array info:
          neutron.mtz:FO,SIGFO,DANO,SIGDANO,ISYM</div>
        <div style="font-family: Courier; "><b>Observation type:
            xray.reconstructed_amplitude</b></div>
        <div style="font-family: Courier; ">Type of data: double,
          size=16672</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Type of sigmas: double,
          size=16672</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Number of Miller indices:
          16672</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Anomalous flag: True</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Unit cell: (removed)</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Space group: P 21 21 21 (No.
          19)</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Systematic absences: 0</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Centric reflections: 1258</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Resolution range: 29.22
          1.89826</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Completeness in resolution
          range: 0.785008</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Completeness with
          d_max=infinity: 0.78486</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Bijvoet pairs: 6832</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Lone Bijvoet mates: 1750</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Anomalous signal: 0.0876</div>
        <div style="font-family: Courier; "><br>
        </div>
        <div style="font-family: Courier; ">Number of F-obs in
          resolution range: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 16672</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Number of F-obs&lt;0 (these
          reflections will be rejected): 0</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Number of F-obs=0 (these
          reflections will be used in refinement): 0</div>
        <div style="font-family: Courier; ">Refinement resolution range:
          d_max = &nbsp;29.2200</div>
        <div style="font-family: Courier; ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
          &nbsp;d_min = &nbsp; 1.8983</div>
        <div style="font-family: Courier; "><br>
        </div>
      </div>
      <div>and this is what I get if I forcibly switch off use of
        anomalous data in the phenix.refine GUI:</div>
      <div><font face="Courier"><br>
        </font></div>
      <div><font face="Courier">=================================
          Neutron data ================================</font></div>
      <div><font face="Courier"><br>
        </font></div>
      <div><font face="Courier">F-obs:</font></div>
      <div><font face="Courier">&nbsp; neutron.mtz:FO,SIGFO,DANO,SIGDANO,ISYM</font></div>
      <div><font face="Courier"><br>
        </font></div>
      <div><font face="Courier">Miller array info:
          neutron.mtz:FO,SIGFO,DANO,SIGDANO,ISYM</font></div>
      <div><font face="Courier">Observation type:
          xray.reconstructed_amplitude</font></div>
      <div><font face="Courier">Type of data: double, size=16672</font></div>
      <div><font face="Courier">Type of sigmas: double, size=16672</font></div>
      <div><font face="Courier">Number of Miller indices: 16672</font></div>
      <div><font face="Courier">Anomalous flag: True</font></div>
      <div><font face="Courier">Unit cell: (removed)</font></div>
      <div><font face="Courier">Space group: P 21 21 21 (No. 19)</font></div>
      <div><font face="Courier">Systematic absences: 0</font></div>
      <div><font face="Courier">Centric reflections: 1258</font></div>
      <div><font face="Courier">Resolution range: 29.22 1.89826</font></div>
      <div><font face="Courier">Completeness in resolution range:
          0.785008</font></div>
      <div><font face="Courier">Completeness with d_max=infinity:
          0.78486</font></div>
      <div><font face="Courier">Bijvoet pairs: 6832</font></div>
      <div><font face="Courier">Lone Bijvoet mates: 1750</font></div>
      <div><font face="Courier">Anomalous signal: 0.0876</font></div>
      <div><font face="Courier"><br>
        </font></div>
      <div>
        <div><font face="Courier">force_anomalous_flag_to_be_equal_to=False</font></div>
        <div><font face="Courier">Reducing data to non-anomalous array.</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; R-linear = sum(abs(data -
            mean(data))) / sum(abs(data))</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; R-square = sum((data -
            mean(data))**2) / sum(data**2)</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; In these sums single measurements
            are excluded.</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
            &nbsp;Redundancy &nbsp; &nbsp; &nbsp; Mean &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mean</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Min &nbsp;Max
            &nbsp; Mean &nbsp;R-linear &nbsp;R-square</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; unused: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - 29.2234</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;1: 29.2234 - &nbsp;4.0863 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2
            &nbsp;1.699 &nbsp; &nbsp;0.0240 &nbsp; &nbsp;0.0011</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;2: &nbsp;4.0863 - &nbsp;3.2448 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2
            &nbsp;1.793 &nbsp; &nbsp;0.0302 &nbsp; &nbsp;0.0022</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;3: &nbsp;3.2448 - &nbsp;2.8350 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2
            &nbsp;1.800 &nbsp; &nbsp;0.0417 &nbsp; &nbsp;0.0041</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;4: &nbsp;2.8350 - &nbsp;2.5760 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2
            &nbsp;1.764 &nbsp; &nbsp;0.0486 &nbsp; &nbsp;0.0054</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;5: &nbsp;2.5760 - &nbsp;2.3914 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2
            &nbsp;1.745 &nbsp; &nbsp;0.0505 &nbsp; &nbsp;0.0051</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;6: &nbsp;2.3914 - &nbsp;2.2505 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2
            &nbsp;1.717 &nbsp; &nbsp;0.0513 &nbsp; &nbsp;0.0051</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;7: &nbsp;2.2505 - &nbsp;2.1378 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2
            &nbsp;1.658 &nbsp; &nbsp;0.0533 &nbsp; &nbsp;0.0056</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;8: &nbsp;2.1378 - &nbsp;2.0448 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2
            &nbsp;1.614 &nbsp; &nbsp;0.0611 &nbsp; &nbsp;0.0074</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;9: &nbsp;2.0448 - &nbsp;1.9661 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2
            &nbsp;1.575 &nbsp; &nbsp;0.0634 &nbsp; &nbsp;0.0075</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; bin 10: &nbsp;1.9661 - &nbsp;1.8983 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2
            &nbsp;1.485 &nbsp; &nbsp;0.0736 &nbsp; &nbsp;0.0097</font></div>
        <div><font face="Courier">&nbsp; unused: &nbsp;1.8983 -</font></div>
        <div><br>
        </div>
        <div><font face="Courier">Fobs statistics after all cutoffs
            applied:</font></div>
        <div><font face="Courier"><br>
          </font></div>
        <div><font face="Courier">Miller array info: None</font></div>
        <div><font face="Courier"><b>Observation type: xray.amplitude</b></font></div>
        <div><font face="Courier">Type of data: double, size=9840</font></div>
        <div><font face="Courier">Type of sigmas: double, size=9840</font></div>
        <div><font face="Courier">Number of Miller indices: 9840</font></div>
        <div><font face="Courier">Anomalous flag: False</font></div>
        <div><font face="Courier">Unit cell: (removed)</font></div>
        <div><font face="Courier">Space group: P 21 21 21 (No. 19)</font></div>
        <div><font face="Courier">Systematic absences: 0</font></div>
        <div><font face="Courier">Centric reflections: 1258</font></div>
        <div><font face="Courier">Resolution range: 29.22 1.89826</font></div>
        <div><font face="Courier">Completeness in resolution range:
            0.855801</font></div>
        <div><font face="Courier">Completeness with d_max=infinity:
            0.855503</font></div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>What's going on here? If I let phenix.refine decide
        automatically, it looks like it's reading in F+ and F-
        separately and regarding them as independent in the refinement.
        If I force "no anomalous" it merges them. However I can't work
        out whether in either case it has actually read FOBS instead of
        the Friedel mates.&nbsp;According to the SCALA manual the I+ and I-
        columns will always be written out even if the keyword ANOMALOUS
        OFF is used, so this is a potential pitfall for many. In
        addition, phenix.refine seems to identify the neutron data first
        as&nbsp;<span style="font-family: Courier; ">xray.reconstructed_amplitude
        </span>then as&nbsp;<span style="font-family: Courier; ">xray.amplitude
        </span>even though the data are explicitly defined as neutron
        data in the GUI.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I can send more information if required!</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks</div>
      <div>Derek</div>
      <div><br>
      </div>
      <br>
      <br>
      <div apple-content-edited="true"><span class="Apple-style-span"
          style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0);
          font-family: Optima; font-style: normal; font-variant: normal;
          font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height:
          normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none;
          white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;
          border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none;
          -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width:
          0px; font-size: medium; ">
          <div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space;
            -webkit-line-break: after-white-space; ">
            <span class="Apple-style-span" style="border-collapse:
              separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Optima;
              font-style: normal; font-variant: normal; font-weight:
              normal; letter-spacing: normal; line-height: normal;
              orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none;
              white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;
              border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect:
              none; -webkit-text-size-adjust: auto;
              -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; ">
              <div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode:
                space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
                <div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'"
                    size="3"><span class="Apple-style-span"
                      style="font-size: 12px; ">________________________________________________________________________<br>
                      Derek Logan &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                      &nbsp; tel: +46 46 222 1443<br>
                      Associate Professor &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                      &nbsp;&nbsp;</span></font><span style="font-family: 'Courier
                    New'; font-size: 12px; ">mob: +46 76 8585 707</span><font
                    class="Apple-style-span" face="'Courier New'"
                    size="3"><span class="Apple-style-span"
                      style="font-size: 12px; "><br>
                      Dept. of Biochemistry and Structural&nbsp;Biology &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                      &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span></font><span style="font-family:
                    'Courier New'; font-size: 12px; "><a
                      moz-do-not-send="true"
                      href="http://www.cmps.lu.se">www.cmps.lu.se</a></span><font
                    class="Apple-style-span" face="'Courier New'"
                    size="3"><span class="Apple-style-span"
                      style="font-size: 12px; "><br>
                      Centre for Molecular Protein Science &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a
                        moz-do-not-send="true"
                        href="http://www.maxlab.lu.se/node/307">
                        www.maxlab.lu.se/node/307</a></span></font><font
                    class="Apple-style-span" face="'Courier New'"
                    size="3"><span class="Apple-style-span"
                      style="font-size: 12px; "><br>
                      Lund University, Box 124, 221 00&nbsp;Lund, Sweden &nbsp; &nbsp;
                      &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a moz-do-not-send="true"
                        href="http://www.saromics.com">
                        www.saromics.com</a></span></font></div>
                <div><br>
                </div>
              </div>
            </span><br class="Apple-interchange-newline">
          </div>
        </span><br class="Apple-interchange-newline">
        <br class="Apple-interchange-newline">
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>