<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div>
<div>Hi,</div>
<div><br>
</div>
<div>I'm doing a joint X-ray neutron refinement in Phenix and have run into some behaviour that puzzles me. I had not been paying any attention to the use or non-use of anomalous signal in the neutron dataset, as&nbsp;</div>
<div style="font-family: Courier; "><br>
</div>
<div>This is what I get if I let phenix.refine itself decide whether or not to use anomalous data:</div>
<div style="font-family: Courier; "><br>
</div>
<div style="font-family: Courier; ">================================= Neutron data ================================</div>
<div style="font-family: Courier; "><br>
</div>
<div style="font-family: Courier; ">F-obs:</div>
<div style="font-family: Courier; ">&nbsp; neutron.mtz:FO,SIGFO,DANO,SIGDANO,ISYM</div>
<div style="font-family: Courier; "><br>
</div>
<div style="font-family: Courier; ">Miller array info: neutron.mtz:FO,SIGFO,DANO,SIGDANO,ISYM</div>
<div style="font-family: Courier; "><b>Observation type: xray.reconstructed_amplitude</b></div>
<div style="font-family: Courier; ">Type of data: double, size=16672</div>
<div style="font-family: Courier; ">Type of sigmas: double, size=16672</div>
<div style="font-family: Courier; ">Number of Miller indices: 16672</div>
<div style="font-family: Courier; ">Anomalous flag: True</div>
<div style="font-family: Courier; ">Unit cell: (removed)</div>
<div style="font-family: Courier; ">Space group: P 21 21 21 (No. 19)</div>
<div style="font-family: Courier; ">Systematic absences: 0</div>
<div style="font-family: Courier; ">Centric reflections: 1258</div>
<div style="font-family: Courier; ">Resolution range: 29.22 1.89826</div>
<div style="font-family: Courier; ">Completeness in resolution range: 0.785008</div>
<div style="font-family: Courier; ">Completeness with d_max=infinity: 0.78486</div>
<div style="font-family: Courier; ">Bijvoet pairs: 6832</div>
<div style="font-family: Courier; ">Lone Bijvoet mates: 1750</div>
<div style="font-family: Courier; ">Anomalous signal: 0.0876</div>
<div style="font-family: Courier; "><br>
</div>
<div style="font-family: Courier; ">Number of F-obs in resolution range: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 16672</div>
<div style="font-family: Courier; ">Number of F-obs&lt;0 (these reflections will be rejected): 0</div>
<div style="font-family: Courier; ">Number of F-obs=0 (these reflections will be used in refinement): 0</div>
<div style="font-family: Courier; ">Refinement resolution range: d_max = &nbsp;29.2200</div>
<div style="font-family: Courier; ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;d_min = &nbsp; 1.8983</div>
<div style="font-family: Courier; "><br>
</div>
</div>
<div>and this is what I get if I forcibly switch off use of anomalous data in the phenix.refine GUI:</div>
<div><font face="Courier"><br>
</font></div>
<div><font face="Courier">================================= Neutron data ================================</font></div>
<div><font face="Courier"><br>
</font></div>
<div><font face="Courier">F-obs:</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; neutron.mtz:FO,SIGFO,DANO,SIGDANO,ISYM</font></div>
<div><font face="Courier"><br>
</font></div>
<div><font face="Courier">Miller array info: neutron.mtz:FO,SIGFO,DANO,SIGDANO,ISYM</font></div>
<div><font face="Courier">Observation type: xray.reconstructed_amplitude</font></div>
<div><font face="Courier">Type of data: double, size=16672</font></div>
<div><font face="Courier">Type of sigmas: double, size=16672</font></div>
<div><font face="Courier">Number of Miller indices: 16672</font></div>
<div><font face="Courier">Anomalous flag: True</font></div>
<div><font face="Courier">Unit cell: (removed)</font></div>
<div><font face="Courier">Space group: P 21 21 21 (No. 19)</font></div>
<div><font face="Courier">Systematic absences: 0</font></div>
<div><font face="Courier">Centric reflections: 1258</font></div>
<div><font face="Courier">Resolution range: 29.22 1.89826</font></div>
<div><font face="Courier">Completeness in resolution range: 0.785008</font></div>
<div><font face="Courier">Completeness with d_max=infinity: 0.78486</font></div>
<div><font face="Courier">Bijvoet pairs: 6832</font></div>
<div><font face="Courier">Lone Bijvoet mates: 1750</font></div>
<div><font face="Courier">Anomalous signal: 0.0876</font></div>
<div><font face="Courier"><br>
</font></div>
<div>
<div><font face="Courier">force_anomalous_flag_to_be_equal_to=False</font></div>
<div><font face="Courier">Reducing data to non-anomalous array.</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; R-linear = sum(abs(data - mean(data))) / sum(abs(data))</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; R-square = sum((data - mean(data))**2) / sum(data**2)</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; In these sums single measurements are excluded.</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Redundancy &nbsp; &nbsp; &nbsp; Mean &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mean</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Min &nbsp;Max &nbsp; Mean &nbsp;R-linear &nbsp;R-square</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; unused: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - 29.2234</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;1: 29.2234 - &nbsp;4.0863 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;1.699 &nbsp; &nbsp;0.0240 &nbsp; &nbsp;0.0011</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;2: &nbsp;4.0863 - &nbsp;3.2448 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;1.793 &nbsp; &nbsp;0.0302 &nbsp; &nbsp;0.0022</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;3: &nbsp;3.2448 - &nbsp;2.8350 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;1.800 &nbsp; &nbsp;0.0417 &nbsp; &nbsp;0.0041</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;4: &nbsp;2.8350 - &nbsp;2.5760 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;1.764 &nbsp; &nbsp;0.0486 &nbsp; &nbsp;0.0054</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;5: &nbsp;2.5760 - &nbsp;2.3914 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;1.745 &nbsp; &nbsp;0.0505 &nbsp; &nbsp;0.0051</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;6: &nbsp;2.3914 - &nbsp;2.2505 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;1.717 &nbsp; &nbsp;0.0513 &nbsp; &nbsp;0.0051</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;7: &nbsp;2.2505 - &nbsp;2.1378 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;1.658 &nbsp; &nbsp;0.0533 &nbsp; &nbsp;0.0056</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;8: &nbsp;2.1378 - &nbsp;2.0448 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;1.614 &nbsp; &nbsp;0.0611 &nbsp; &nbsp;0.0074</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; bin &nbsp;9: &nbsp;2.0448 - &nbsp;1.9661 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;1.575 &nbsp; &nbsp;0.0634 &nbsp; &nbsp;0.0075</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; bin 10: &nbsp;1.9661 - &nbsp;1.8983 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;1.485 &nbsp; &nbsp;0.0736 &nbsp; &nbsp;0.0097</font></div>
<div><font face="Courier">&nbsp; unused: &nbsp;1.8983 -</font></div>
<div><br>
</div>
<div><font face="Courier">Fobs statistics after all cutoffs applied:</font></div>
<div><font face="Courier"><br>
</font></div>
<div><font face="Courier">Miller array info: None</font></div>
<div><font face="Courier"><b>Observation type: xray.amplitude</b></font></div>
<div><font face="Courier">Type of data: double, size=9840</font></div>
<div><font face="Courier">Type of sigmas: double, size=9840</font></div>
<div><font face="Courier">Number of Miller indices: 9840</font></div>
<div><font face="Courier">Anomalous flag: False</font></div>
<div><font face="Courier">Unit cell: (removed)</font></div>
<div><font face="Courier">Space group: P 21 21 21 (No. 19)</font></div>
<div><font face="Courier">Systematic absences: 0</font></div>
<div><font face="Courier">Centric reflections: 1258</font></div>
<div><font face="Courier">Resolution range: 29.22 1.89826</font></div>
<div><font face="Courier">Completeness in resolution range: 0.855801</font></div>
<div><font face="Courier">Completeness with d_max=infinity: 0.855503</font></div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>What's going on here? If I let phenix.refine decide automatically, it looks like it's reading in F&#43; and F- separately and regarding them as independent in the refinement. If I force &quot;no anomalous&quot; it merges them. However I can't work out whether in either
 case it has actually read FOBS instead of the Friedel mates.&nbsp;According to the SCALA manual the I&#43; and I- columns will always be written out even if the keyword ANOMALOUS OFF is used, so this is a potential pitfall for many. In addition, phenix.refine seems
 to identify the neutron data first as&nbsp;<span style="font-family: Courier; ">xray.reconstructed_amplitude
</span>then as&nbsp;<span style="font-family: Courier; ">xray.amplitude </span>even though the data are explicitly defined as neutron data in the GUI.</div>
<div><br>
</div>
<div>I can send more information if required!</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks</div>
<div>Derek</div>
<div><br>
</div>
<br>
<br>
<div apple-content-edited="true"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Optima; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Optima; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">________________________________________________________________________<br>
Derek Logan &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; tel: &#43;46 46 222 1443<br>
Associate Professor &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</span></font><span style="font-family: 'Courier New'; font-size: 12px; ">mob: &#43;46 76 8585 707</span><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br>
Dept. of Biochemistry and Structural&nbsp;Biology &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span></font><span style="font-family: 'Courier New'; font-size: 12px; "><a href="http://www.cmps.lu.se">www.cmps.lu.se</a></span><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br>
Centre for Molecular Protein Science &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.maxlab.lu.se/node/307">
www.maxlab.lu.se/node/307</a></span></font><font class="Apple-style-span" face="'Courier New'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br>
Lund University, Box 124, 221 00&nbsp;Lund, Sweden &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.saromics.com">
www.saromics.com</a></span></font></div>
<div><br>
</div>
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
</body>
</html>