<div dir="ltr">Hi Andreas,<div><br></div><div style>My guess is that you have main.simulated_annealing=True also active in your parameter file. You need to set this to False, and then the refinement should proceed.</div><div style>

<br></div><div style>Jeff</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 11, 2013 at 11:44 AM, Andreas Förster <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:docandreas@gmail.com" target="_blank">docandreas@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
<br>
I&#39;m trying to get DEN refinement going from the command line.  The run aborts quickly with the following error in the log file:<br>
<br>
Sorry: Cartesian simulated annealing should not be turned on for DEN refinement. Annealing settings are controlled in the den parameter scope.<br>
<br>
The DEN scope in input.def looks like this:<br>
<br>
  den {<br>
    reference_file = den_ref_Jun.pdb<br>
    gamma = 0.5<br>
    kappa = 0.1<br>
    weight = 30<br>
    sigma = 0.44<br>
    optimize = True<br>
    opt_gamma_values = 0 0.2 0.4 0.6 0.8 1<br>
    opt_weight_values = 3 10 30 100 300<br>
    num_cycles = 12<br>
    kappa_burn_in_cycles = 2<br>
    bulk_solvent_and_scale = True<br>
    refine_adp = True<br>
    final_refinement_cycle = False<br>
    verbose = False<br>
    annealing_type = *torsion cartesian<br>
    output_kinemage = False<br>
    restraint_network {<br>
      lower_distance_cutoff = 3<br>
      upper_distance_cutoff = 15<br>
      sequence_separation_low = 0<br>
      sequence_separation_limit = 10<br>
      exclude_hydrogens = True<br>
      ndistance_ratio = 1<br>
      export_den_pairs = False<br>
      den_network_file = None<br>
    }<br>
<br>
Annealing type is torsion from what I can tell.  What am I doing wrong?<br>
<br>
(Release tag: 1394, Platform: intel-linux-2.6-x86_64 redhat-e6.2)<br>
<br>
<br>
Thanks.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
<br>
Andreas<br>
<br>
<br>
-- <br>
        Andreas Förster, Research Associate<br>
        Paul Freemont &amp; Xiaodong Zhang Labs<br>
Department of Biochemistry, Imperial College London<br>
            <a href="http://www.msf.bio.ic.ac.uk" target="_blank">http://www.msf.bio.ic.ac.uk</a><br>
______________________________<u></u>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/<u></u>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>