<div dir="ltr">Hi Nat,<div><br></div><div style>So I added SMILES in Chemical string, but the conformation came out to be different than the input pdb file, even &quot;none&quot; was chosen for geometry optimization.</div>
<div style><br></div><div style>Mengbin</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 13, 2013 at 3:20 PM, Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nechols@lbl.gov" target="_blank">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On Thu, Jun 13, 2013 at 11:53 AM, Mengbin Chen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mengbinc@sas.upenn.edu" target="_blank">mengbinc@sas.upenn.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
</div><div class="gmail_quote"><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr"><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font face="Arial, sans-serif">I tried the command line in Terminal, but Elbow still regularized the conformation and bonds of the ligand and the result turned out to be the same with that I ran thorough GUI. The thing is that the input pdb file has a conformation the ligand should adopt so that I do not really want energy minimization or geometry optimization to be done on it. Although I set &quot;none&quot; for &quot;geometry optimization&quot; in GUI, it unfortunately changed the ligand conformation.</font></div>


</div></blockquote><div><br></div></div><div>This has nothing to do with use of the GUI versus command line - the problem is that using a PDB file as the only source of chemical information is unlikely to work, especially if no hydrogens are present. �At the very least you need explicit hydrogens, and ideally you need an input file that actually defines the topology, like SMILES or MOL2 or CIF. �If it&#39;s a ligand that is already in the PDB you can just give it the three-letter code and it will extract this information automatically from the database included with Phenix.</div>


<div><br></div><div>I guess I need to add a warning to the GUI if users try to use a PDB file alone, because this problem comes up again and again.</div><div><br></div><div>-Nat</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Mengbin Chen<div>Department of Chemistry</div><div>University of Pennsylvania</div>
</div>