<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Ursula,<br>
      <br>
      could you please send me the model and data files off list and
      indicate unwanted S-S bonds? I may just implement automatic (or at
      least easier than now) handling of this today or over the
      week-end.<br>
      <br>
      Thanks,<br>
      Pavel<br>
      <br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CA+erM+0Q6reEuUiqiz6ogbAOi3LgUXojrhOXUOzZBsfQ7ANBUQ@mail.gmail.com"
      type="cite">So how do people deal with this? I would think close
      cysteines are fairly common in metal coordination sites.<br>
      <br>
      Ursula<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Thu, Jun 27, 2013 at 7:12 AM,
        Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:nechols@lbl.gov" target="_blank">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div class="im">On Wed, Jun 26, 2013 at 3:51 PM, Pavel Afonine
            &lt;<a moz-do-not-send="true" href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt;
            wrote:<br>
            &gt; Hm.. this isn't easy.. phenix.refine automatically
            identifies disulfide<br>
            &gt; bonds and creates restrains for them. This is
            controlled by<br>
            &gt; disulfide_distance_cutoff=3 parameter. You can set it
            to some big number, so<br>
            &gt; none desulfide bonds will be created automatically<br>
            <br>
          </div>
          Are you sure it's not the reverse? &nbsp;I think this number sets
          the<br>
          maximum distance allowed for disulfides; increasing it will
          just bond<br>
          more distant atoms.<br>
          <br>
          -Nat<br>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>