<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div>Thank you so much for your suggestions, Tom! <br>It seems that something needs to be fixed in the PDB file I was using. I am not sure how I could edit the PDB file to resolve the problems or other things to do to solve this....<br>

Below is the error message I got when I ran a plain refinement of the same PDB file and data file. I also ran phenix.ready-set of the PDB file using default setting (add 
hydrogen to model if absent, et al) and generate a updated PDB file and 
ran refine again, but still got the same error message as below: <br><br></div>Number of atoms with unknown nonbonded energy type symbol: 8<br></div>Please edit the PDB file to resolve the problems and/or supply a <br>
</div>CIF file with matching restraint definitions, along with apply_cif_modification and apply_cif_link parameter definitions if necessary. <br></div></div>Also note that phenix.ready-set and phenix.elbow are available for creating restraint definitions (CIF files)<br>


</div>Alternatively, to continue despite this problem use:<br></div>stop_for_unknowns= False<br><br></div><div>Thank you so much!<br><br></div><div>Best,<br>Wei <br></div><div><br>Best,<br>Wei <br></div><br></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 1, 2013 at 4:51 PM, Terwilliger, Thomas C <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:terwilliger@lanl.gov" target="_blank">terwilliger@lanl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Wei,<br>
<br>
I&#39;m sorry for the trouble!  Normally I would expect the SA-omit map to be take a length time that is more or less proportional to the size of the molecule.  It seems possible that in this case something has failed.<br>

<br>
Here is what I&#39;d suggest:  run a plain refinement run of the exact same PDB file and the exact same data file and make sure it runs.  Then if that works, run a SA-refinement run of the same thing. Then if that works, run a simple omit map, and only do it for a single box (use omit_box_start=1 and end=1 in options).  If that works, do the SA-omit-map for a single box. If that works...try the whole SA-omit map again.<br>

<br>
Presumably somewhere along the line something will fail and that will tell you the problem.  Please let us know if it is anything we can fix!<br>
<br>
All the best,<br>
Tom T<br>
<div><div class="h5"><br>
On Jul 1, 2013, at 1:18 PM, Wei Shi wrote:<br>
<br>
&gt; Hi guys,<br>
&gt; I&#39;ve been trying to generate the omit map for a protein-DNA complex structure using Phenix. I don&#39;t know why it takes forever to run and didn&#39;t seem like to finish at all.... The resolution of the dataset is 3.2A. Omit map type: simulated annealing. Omit region: composite. And, for the corresponding apo-protein structure, the simulated annealing omit map was generated within 2 or 3 hours on the same computer cluster. Let me know whether you have any idea about what might go wrong and whether there is anything I could do.... Thank you so much!<br>

&gt;<br>
&gt; Best,<br>
&gt; Wei<br>
</div></div>&gt; _______________________________________________<br>
&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br></div>