<br clear="all">Thanks for your replies Nat and Jon, <br><br>Given the answer of Nat, phenix.phaser is not (by default) OpenMP, which explains the non-parallel behaviour of my phenix.phaser.<br>I think I have been misleading by the GUI behaviour that actually show 3 threads for python (1 for phenix and apparently -for some reason- 2 for the phaser gui, one of those disappearing quickly).<br>
<br>As I want to run phaser with a few different model, but as quick as possible, I switched to the ccp4 phaser that parralelize and run well on the cluster. <br><br>Best regards, <br>Lionel<br><br><br><br><div class="gmail_quote">
2013/7/10 Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nechols@lbl.gov" target="_blank">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left:1px solid rgb(204,204,204);margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;padding-left:1ex">
<div class="im">On Wed, Jul 10, 2013 at 7:16 AM, L. Costenaro (IBB)<br>
&lt;<a href="mailto:lionel.costenaro@bioinf.uab.es">lionel.costenaro@bioinf.uab.es</a>&gt; wrote:<br>
&gt; I am trying to run phaser in a SGE cluster (qsub) using multiple proc<br>
&gt; (either phenix.phaser from the command line or phaser-MR from the GUI), but<br>
&gt; the jobs do not parallelize. When I run the phaser-MR locally (same<br>
&gt; executable) it does parallelize (multiple python threads).<br>
<br>
</div>I&#39;m a little confused - what parameters are you using and what<br>
behavior do you expect? �As distributed, Phaser itself (i.e. the<br>
Phaser-MR or Phaser-EP GUIs, or phenix.phaser) will not run in<br>
parallel, regardless of whether you&#39;re running the jobs on a cluster<br>
or locally. �If you want to use the OpenMP compiler extensions to<br>
parallelize single jobs, you need to build from source *without the<br>
Phenix GUI*, because OpenMP does not play nicely with Python<br>
multiprocessing (or vice-versa, I guess). �I&#39;m not sure what makes you<br>
think it&#39;s being run in parallel locally, but I suspect you&#39;re being<br>
confused by the fact that executing a job from the GUI starts a<br>
separate process.<br>
<br>
The MR programs that run in parallel are a) phaser.MRage, Gabor&#39;s<br>
automated system which is designed to try many different models<br>
(including different model preparation protocols), and b) my somewhat<br>
obsolete &quot;parallel Phaser&quot; GUI, which is a much more minimalist<br>
approach. �These can both execute on a cluster, but the individual<br>
jobs will still be single-processor. �(Currently both are still<br>
flagged as &quot;alpha&quot; features in the GUI, although MRage will hopefully<br>
be a fully supported program in the near future.)<br>
<br>
-Nat<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>