<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Pavel</div>According to your mail from yesterday I wonder how can I treat Ramachandran outliers in very large molecules (close to 9000 residues). Despite&nbsp;<div>R=0.22 and Rfree=0.29 there is still a lot of changes to do. It was molecular replacement project with 28 subunits 14 and 14 and with about 50% identity and some small insertions deletions. map is 3.4 A and after permissive CC1/2 decision - about 3.05 . &nbsp;A lot of clashes, a lot of Ramachandran</div><div>outliers ( about 6% after COOT Ramachandran improvement and about 9% after refinement.</div><div>What I need is not elimination of manual intervention, but minimisation of it : - \</div><div>FF<br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; ">Dr Felix Frolow &nbsp;&nbsp;<br>Professor of Structural Biology and&nbsp;Biotechnology, Department of Molecular&nbsp;Microbiology and Biotechnology<br>Tel Aviv University 69978, Israel<br><br>Acta Crystallographica F, co-editor<br><br>e-mail: <a href="mailto:mbfrolow@post.tau.ac.il">mbfrolow@post.tau.ac.il</a><br>Tel: &nbsp;++972-3640-8723<br>Fax: ++972-3640-9407<br>Cellular: 0547 459 608</span>
</div>
<br><div><div>On Jul 22, 2013, at 20:21 , Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:PAfonine@lbl.gov">PAfonine@lbl.gov</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
  
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Joel,<br>
      <br>
      from <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/version_docs/dev-1439/CHANGES">http://www.phenix-online.org/version_docs/dev-1439/CHANGES</a> :<br>
      <br>
      <meta charset="utf-8">
      - Local RSR: residue-by-residue, replaces old fix_rotamers option<br>
      &nbsp; - fits both main chain and sidechain<br>
      &nbsp; - only applies to residues with rotamer outlier, poor CC, or
      clashes<br>
      &nbsp; - new residue fit serves as torsion restrains for subsequent
      macro-cycle<br>
      &nbsp; - currently not performed when explicit hydrogens present<br>
      <br>
      To turn this off simply exclude real-space refinement from
      refinement strategy.<br>
      <br>
      Note, RSR above means Real-Space-Refinement, and not
      Reciprocal-Space-Refinement.<br>
      <br>
      Pavel<br>
      <br>
      <br>
      On 7/22/13 9:33 AM, Joseph Noel wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:E0378128-472B-4BF0-AAF3-DAC6CD6A455B@salk.edu" type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      Dear Pavel,
      <div>To clarify, in the latest nightly build, 1435, do you have to
        click on real space refinement to carry out side chain rotamer
        fitting? If you just refine xyz I assume side chain rotamer
        fitting is not enabled, correct?</div>
      <div>Joe Noel<br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br></div></body></html>